Ташкентское советское правительство, оказавшись в изоляции, продолжало активную деятельность по укреплению советской власти в регионе. Они отстранили нелояльных режиму мусульман от занимаемых ими должностей. Итогом этого стало вспыхнувшее в мусульманских кварталах города восстание, которое было подавлено. В это время в Коканде образовалось альтернативное правительство, сформированное представителями мусульманских кругов, которые объявили о создании Кокандской автономии (ноябрь 1917 — январь 1918 г.). Они стремились путем созыва Учредительного собрания легитимировать свою власть. В январе 1918 г. его возглавил Мустафа Чокаев (Шокай) (1890—1941), делавший ставку на культурное и языковое единство населения региона и создание единого мусульманского государства в Туркестане. В феврале 1918 г. власть в Коканде захватил курбаши Эргаш Ходжиев (1885—1918), имевший гораздо больший авторитет среди представителей мусульманского духовенства. Между их сторонниками начались столкновения. Внутренними распрями воспользовались большевики, приславшие из Ташкента вооруженные формирования из красноармейцев и армянских боевиков из партии «Дашнакцутюн», которые устроили страшную резню мусульманского населения в Коканде, оправдывая ее родством тюркоязычного населения Средней Азии с ненавистными для дашнаков турками. Это вызвало недовольство всего мусульманского населения региона и объединило их в борьбе с советским правительством Ташкента.
В марте 1918 г. советское правительство в Ташкенте заключило договоры о признании независимости Хивинского ханства и Бухарского эмирата. Это было сделано с целью усилить безопасность собственной власти в наиболее тяжелый для нее период. Ташкентское советское правительство постоянно оказывалось перед угрозой антисоветских восстаний вследствие целого ряда ошибочных действий, которые они предпринимали в регионе. Они считали все крестьянство контрреволюционной силой, сохранили отношение к местному населению как к неполноценным гражданам и повели открытое наступление на ислам. В январе 1919 г. в Ташкенте произошло новое антисоветское восстание, которое также было подавлено благодаря способности и беспощадности местной большевистской власти. В июне 1918 г. была создана Коммунистическая партия Туркестана, которая должна была стать опорой режима. В ее ряды могли входить даже верующие мусульмане.
В октябре 1918 г. для руководства Средней Азией в регион была направлена Туркестанская комиссия ВЦИК и СНК РСФСР, которая руководила краем до августа 1922 г. Для укрепления местных войск в течение 1920 г. в Ташкент направляются подразделения Красной Армии. С их помощью в апреле 1920 г. был свергнут хан Хивы , несмотря на поддержку англичан, и провозглашена Хивинская Народная Советская Республика, а в начале октября того же года свергли эмира в Бухаре и образовали Бухарскую Народную Советскую Республику. Советское правительство в Москве настаивало на политике союза с мусульманскими народами, так как советская власть ощущалась только в крупных городах и поселениях вдоль железных дорог, где работали в основном русские.
