Вместе с тем приход в 1906 г. на должность премьер-министра Российской империи П.А. Столыпина ознаменовал радикальную смену правительственного курса в отношении национальных и религиозных меньшинств. Фактически П.А. Столыпин, будучи ярым русоцентристом, выступал за необходимость ассимиляции всех нерусских народностей. Он был сторонником избирательного закона от 3 июня 1907 г., сократившего число депутатов в Государственной думе от национальных окраин и лишившего избирательных прав мусульман Казахстана, Средней Азии и большей части Северного Кавказа. В итоге в Третьей Думе, работавшей наиболее длительный срок (1907—1912), мусульмане получили всего 11 мест. Характерно, что именно этот состав Думы принял решение о необходимости государственного контроля над мусульманскими учебными заведениями.
Правительство начало предпринимать репрессивные меры по отношению к мусульманам, закрывая учебные заведения, вводя цензуру на печатные издания и т.д. Кроме того, многие активные мусульманские деятели попали под давление правительственных органов. Например, в 1907 г. был арестован и отправлен в ссылку Г. Исхаки (откуда, правда, потом бежал), в 1908 г. был сослан Г. Баруди. В 1908 г. Ю. Акчурин был вынужден покинуть Россию, навсегда эмигрировав в Османскую империю, а его друг Садри Максуди, бывший особо активным среди мусульманских депутатов, не был допущен к выборам в Четвертую Думу (1912—1917), где мусульманская фракция (группа) получила лишь 6 мест.
Таким образом, исторический опыт многим представителям мусульманской интеллектуальной элиты показал, что добиться каких-либо результатов для мусульман в рамках не просто действующего законодательства, но в рамках существующей на тот момент государственной системы невозможно. Это обстоятельство оттолкнуло многих деятелей от продвигаемой Исмаил-беем Гаспринским идеи о сотрудничестве с правительством. Одновременно возымела развитие другая тенденция — в условиях революционных потрясений, политических неудач и русоцентристской политики П.А. Столыпина происходит рост числа локальных мусульманских организаций, характеризующихся своими конкретными задачами и идеологической направленностью. Они отстаивали интересы отдельных национальных групп или социальных страт, связанных с конкретным регионом. Возросли именно националистические настроения, получавшие дополнительный стимулирующий импульс ввиду произошедших в 1908—1909 гг. событий в Османской империи, связанных с приходом к власти группировки «младотурок», выступавших вдохновителями идей тюркизма. Многие активные интеллектуалы из российских мусульман приняли решение покинуть страну и продолжать свою деятельность из-за границы. Кроме того, некоторые российские мусульманские деятели отмежевались от бывших соратников, присоединившись к революционным партиям. Фактически произошел окончательный раскол в рядах джадидистов.
