Тем не менее отношение властей к мусульманам оставалось настороженным. Так, например, подписанный 23 марта 1803 г. императором Александром I указ, разрешающий находящимся на территории Российской империи мусульманам получать паспорта и совершать хадж, касался лишь бухарцев, проживавших на территории империи, но не бывших ее подданными, в то время как в отношении собственно российских мусульман подобных мер не предусматривалось. Речи не идет о каких-то запретах для них, а только о том, что государство никак не способствовало им в организации этих мероприятий, остававшихся, в сущности, делом личных возможностей.
В июле 1810 г. императором Александром I было создано Главное управление духовных дел разных (иностранных) исповеданий, в функции которого входил также и надзор за мусульманами. С 1817 по 1824 г. оно было под юрисдикцией Министерства духовных дел и народного просвещения, значась как Департамент духовных дел. В 1824—1832 гг. оно именовалось Главным управлением духовных дел иностранных исповеданий, затем отсюда выделился самостоятельный Департамент духовных дел иностранных исповеданий. Уже в 1831 г. вводится процедура судебной присяги для мусульман, имевшей отдельно разработанный текст и осуществляемой на Коране. Согласно принятому в 1836 г. уставу Департамента духовных дел иностранных исповеданий муфтий должен был избираться самими представителями мусульманской общины, но на деле он назначался царским указом.
Следует также отметить, что мусульманское духовенство Крыма продолжало сохранять свою автономию. Согласно соответствующему Положению 23 декабря 1831 г. был утвержден штат Таврического магометанского духовного правления, а также расширены подведомственные ему территории — кроме собственно Крыма, его полномочия распространились на «западные губернии», располагавшиеся на территории современных Литвы, Белоруссии, Польши и Западной Украины. Иначе говоря, ему подчинялись польско-литовские татары, проживавшие на стыке границ современных Польши, Литвы и Беларуси с XIV в. Немногочисленное население, потерявшее к тому времени язык, имело высокий социальный статус, состоя в дворянском (шляхетском) сословии и, как следствие этого, имея высокий образовательный уровень. Два последних условия сыграли ключевую роль в исключительной роли этой немногочисленной этноконфессиональной группы в дальнейшей истории ислама в России. Из представителей из этой же группы с 1803 г. формировался Лейб-гвардии Уланский полк.
