Но оставалась еще неосуществленной другая часть — учреждение патриаршества. Относительно последнего на Москве знали, что греческие иерархи отнесутся несочувственно к стремлению русского духовенства получить полную самостоятельность. До сих пор некоторая зависимость русской церкви от греков выразилась в платоническом уважении, которое выказывали московские митрополиты восточным патриархам, и в различных им пособиях; восточные иерархи придавали этому факту большое значение, полагая, что русская церковь подчинена восточной. С падением Константинополя московский митрополит стал средствами богаче и властью выше всех восточных патриархов. На востоке же жизнь была стеснена, материальные средства сильно оскудели, и вот восточные патриархи стали считать себя вправе обращаться в Москву, как в город, подчиненный им в церковном отношении, за пособиями. Начинаются частые поездки в Москву за милостыней, но это еще больше возвысило московского митрополита в глазах русского общества. Стали полагать, что главный вселенский константинопольский патриарх должен быть заменен московским вселенским патриархом. Греческие же патриархи держались, разумеется, того мнения, что сан этот может быть только у них, ибо составляет исконную их принадлежность. Несмотря на это, Москва пожелала иметь у себя патриарха и для осуществления своего желания избрала практический путь; она принялась за это в правление Бориса Годунова.
Летом 1586 г. приехал в Москву антиохийский патриарх Иоаким. Ему дали знать о желании царя Федора учредить в Москве патриарший престол. Иоаким отвечал уклончиво, однако взялся пропагандировать эту мысль на востоке. Русский подьячий Огарков отправлен был вслед за Иоакимом, чтобы наблюдать, как пойдет это дело; но он привез неутешительные вести. Так прошло два года в неопределенном положении. Вдруг летом 1588 г. разнеслась весть, что в Смоленск приехал старший из патриархов, цареградский Иеремия. В Москве все были взволнованы, делались различные предположения, зачем и с какой стати он приехал. Пристав, отправленный встречать и провожать патриарха до Москвы, получил наказ разведать, «есть ли с ним от всех патриархов с соборного приговора к государю приказ». По приезде в Москву Иеремия был помещен на дворе рязанского владыки. К нему приставили таких людей, которые были «покрепче», причем им было приказано не допускать к патриарху никого из иностранцев. Вообще его держали, как в тюрьме. Разговоры велись с ним по преимуществу такие, которые клонились к учреждению патриаршества. Иеремии, наконец, предложили перенести свое патриаршество из Константинополя в Москву. Он согласился. Того только и ждали. Но сам Иеремия был неудобен; в Москве это понимали хорошо. Это значило бы допустить новогреческие ереси в русскую церковь. Поэтому говорили, что на Москве Иеремии оставаться неудобно, так как там есть уже свой митрополит Иов. Вместо столичной Москвы Иеремии предложили поселиться во Владимире, юроде, не имевшем никакого политического значения. Греки поняли это так, что москвитяне их обманули, что они вовсе не хотели иметь своим патриархом Иеремию, и Иеремия отказался от Владимира. Однако вопрос принципиально был решен: если Иеремия сам не хочет быть патриархом, то должен вместо себя поставить другого. Но теперь уже, конечно, не могло быть и речи о том, чтобы перенести патриаршество во Владимир, так что Иеремия поставил Иова на московское и на владимирское патриаршество. Иеремия знал, что его согласие на поставление Иова будет встречено несочувственно на востоке. Действительно, там известие об учреждении на Москве нового патриаршества было принято холодно. Там были уверены, что Иеремию обманули, и не хотели санкционировать совершившийся факт. Но противиться долго было нельзя, ибо Москва была сильна и, в случае отказа, могла отказать в пособиях. И вот состоялся собор, где, хотя и согласились признать вновь учрежденное патриаршество на Москве, но московский патриарх должен был занимать младшее место. В Москве на первый раз были довольны и этим. С этого времени русская церковь стала вполне независимой; Русь стала царством, а Москва сделалась патриаршим городом, и этот последний шаг к патриаршеству был плодом дипломатического умения Бориса Годунова, который в то время руководил всей деятельностью московского правительства и прямо гордился этим успехом.
