В этой драматической обстановке 19 июня 1566 года в Эдинбургском замке родился их сын Джеймс, будущий Яков VI Шотландский и Яков I Английский. К этому моменту Дарнли уехал в Глазго и словно не заметил рождения сына, а неугомонная Мария влюбилась в яркого, мужественного и энергичного Джеймса Хепберна, графа Босуэлла. Поползли слухи о близящемся разводе Марии и Генри. Однако развод мог привести к объявлению их сына бастардом, что не входило в планы королевы.
В ночь с 9 на 10 февраля 1567 года взорвался начиненный пороховыми бочками дом в Керк-о’Фильде, где Дарнли накануне встречался с королевой и остался ночевать. Тело лорда, возможно убитого при попытке бегства из горящего дома, было найдено в прилегавшем саду. Какая из сложившихся к тому времени групп заговорщиков организовала убийство Дарнли, до сих пор покрыто тайной. Впрочем, в литературе уже давно была высказана мысль, что те, кто взорвал здание, могли и не знать всех деталей заговора.
В любом случае после убийства молва указывала на Марию как убийцу мужа, а последовавший затем, в мае, брак королевы с Босуэллом придал этим предположениям характер едва ли не факта. Биографы Якова I по сей день нередко называют его родителей по-шекспировски «Макбетами».[7] Судебный процесс в Эдинбурге, полностью оправдавший Босуэлла, был проведен настолько пристрастно, что только подлил масла в огонь. Ситуация обострялась, и о ней были детально осведомлены в Лондоне и Париже. Вскоре после гибели Дарнли в Эдинбурге появились французский и английский послы. Первый стремился к восстановлению власти Марии Стюарт, а второй должен был добиваться примирения королевы с лордами, наказания убийц Дарнли и отсылки принца Якова в Англию — возможно, уже тогда Елизавета рассматривала его как наследника престола.
Через месяц после замужества Мария стараниями лордов была заключена в замок Лохлевен и здесь 24 июля под давлением лордов отреклась от престола в пользу Якова. Новому шотландскому королю исполнился всего один год. Через пять дней, 29 июля того же 1567 года, его короновали в Стерлинге под именем Якова VI. Регентом при короле-ребенке стал спешно вернувшийся в Шотландию Морей. Если бы он отказался, этот пост занял бы Мортон. Коалиция лордов быстро распалась, и часть из них приняли сторону Марии, которая в начале мая 1568 года бежала из Лохлевена. В течение нескольких дней она собрала 5-6-тысячную армию, которая, однако, 13 мая была разгромлена при Лэнгсайде близ Глазго. И Мария приняла роковое решение — перешла на территорию Англии и отдалась под покровительство Елизаветы.
