Много внимания командование уделяло дисциплине среди партизан. В многотысячном коллективе партизан находились люди, нарушавшие дисциплину. Были отдельные случаи мародерства, насилия над женщинами. 27 сентября 1919 года военный отдел облакома издал приказ, в параграфе 4-м которого говорится: «Всем командующим фронтами принимать самые строгие меры по отношению лиц, замеченных и уличенных в грабежах и мародерстве и насилии над мирными жителями, вплоть до расстрела на месте без суда, предавая командиров отдельных частей за допущение подобных явлений среди вверенных им отрядов военно-полевому суду»[32].
И приказы не оставались на бумаге, а проводились в жизнь. Так, в приказе по корпусу от 19 октября 4919 года говорится, что «солдат 6-го Кулундинского полка Теба Гельман, согласно постановлению 1-го и 2-го эскадронов, за кражу вещей у жительницы села Волчиха приговорен к смертной казни, приведенной в исполнение по утверждению командира 2-й дивизии».
Характерно, что в приказах партизан часто называли солдатами. Этим подчеркивалось, что они являются солдатами Советской Армии.
Самым распространенным нарушением воинской дисциплины являлось пьянство. С ним боролись путем ареста, отобрания оружия, а при повторении применяли более строгие меры.
Для борьбы с нарушениями дисциплины в полках и батальонах были созданы выборные суды. Отдельные нарушения дисциплины не были характерными для партизанской массы. Партизаны сознавали необходимость дисциплины, в особенности в боевой обстановке.
Вначале командиры партизанских отрядов и их подразделений избирались. С организацией облакома и созданием корпуса командиры дивизий и полков назначались военным отделом облакома, а командиры батальонов, рот, эскадронов назначались вышестоящими командирами.
Комсостав партизан комплектовался из бывших фронтовиков, унтер-офицеров, фельдфебелей, имеющих опыт войны на германском фронте. Они не имели специальной военной подготовки, но практически опыт военной службы помогал им справляться со своими обязанностями. Большинство из них в условиях партизанской войны являлись хорошими командирами, а некоторые выделялись, как талантливые самородки. Это, в первую очередь, Е. М. Мамонтов, И. В. Громов и легендарный командир 7-го полка «Красных орлов» Ф. Е. Колядо.
Хорошими командирами дивизий были большевики Р. П. Захаров, и И. А. Львов-Иванов. Из командиров полков заслуживают быть отмеченными командиры 1-го полка П. Ф. Тибекин, Н. И. Кожин, 2-го полка — скромный Шумейко, 3-го полка — Каширов, 5-го полка — Киц, 6-го полка — Шевченко, 10-го полка — Я. К. Шумский и 12-го — С. С. Толстых.
