С XII в. взаимопересечение синто и буддизма набирает полную силу. Уже не просто буддийские храмы добавляются к существовавшим прежде синтоистским святилищам и наоборот. С этого момента начинают возникать новые храмовые комплексы, уже изначально синто-буддийские. Причем частью этого симбиоза становились и даосские верования. Известно, например, что даосские маги, специалисты по гаданию по принципу инь — ян и пяти элементов (онмёдзи), читали формулу Великого очищения в качестве сильнодействующего заклинания. С этого момента всё смешивалось в одном котле — ками становились бодхисаттвами, будды почитались как ками, а звезды даосских мудрецов служили символами тех и других.
Ватараи синто не было еще антибуддийским движением, как порою его представляют, говоря о том, что отношения в нем, основанные на формуле «Исконная основа — проявленные следы» (хондзи суйдзяку), были перевернуты с ног на голову — ками стали считаться «исконной основой», а будды — их «проявленными следами». Отнюдь нет, Ватараи синто просто вообще отказалось от формулы «хондзи суйдзяку» и утверждало лишь, что «наши ками — дух будды Дайнити» и потому не имеют «исконной основы», то есть они единосущны с буддами, неотличимы от них и потому равноценны им. А эзотерическая основа этого синтеза позволяла без проблем сосуществовать синтоистским обрядам очищения в их традиционной интепретации наряду с их «тайной» буддийской трактовкой.
Этому параллельному сосуществованию двух интерпретаций не мог помешать даже продолжавший действовать запрет на буддизм и буддийских монахов в пределах святилищ Исэ. В 1511 г. один синтоистский священнослужитель объяснял этот парадокс так: «Правила храмов [Исэ] говорят, что сутры и учения буддизма запретны на поверхности, но на более глубоком уровне мы почитаем ками как проявление [будды Махавайрочана-Дайнити]».
Согласно текстам Ватараи, главной целью последователя их учения было достижение просветления, что превращало его в буддиста, но при этом полного поглощения буддизмом не происходило, так как это просветление описывалось в терминах синтоистской традиции как очищение, или даосской — как достижение состояния первоначального хаоса.
• Зрелое средневековье: эпоха Намбокутё (1336–1392) и Муромати (1392–1568)
XIV в. проходит под знаком влияния идей Ватараи синто, которые становятся важной составляющей интеллектуального дискурса эпохи. Идеи Ватараи появляются в сочинениях традиций Сингон, Тэндай и
