С той поры Иоанн жил большею частью в укрепленной Александровской слободе, и все остальное время его царствования не прекращались казни людей, подозреваемых в измене. Соловецкий игумен Филипп (из рода бояр Колычевых), по желанию Иоанна занявший престол митрополита, не хотел отказаться от священного обычая ходатайствовать (печаловаться) за опальных; твердый духом, он смело обличал недостойное поведение царя и буйство его опричников[56]. Филипп был отрешен от своего сана и заточен в тверской Отрочь монастырь, где его потом задушил Малюта Скуратов (1569). Тогда же погиб и двоюродный брат царя Владимир Андреевич.
В следующем году целый Новгород сделался жертвою Иоанновой подозрительности. Новгородцы все еще не могли забыть своего прежнего вечевого устройства и, по всей вероятности, явно — тяготились суровым московским владычеством; как бы то ни было, их обвинили в намерении поддаться польскому королю. Иоанн, сопровождаемый опричниками и стрельцами, явился в Новгороде и тут в течение шести недель производил свою кровавую расправу.
Пришедши в Новгород, передовой царский отряд устроил кругом крепкие заставы и запер окрестные монастыри. Схватили игуменов, монахов, священников и поставили на правеж (т. е. били палками по ногам каждый день, взыскивая с них деньги); купцов и приказных людей заключали под стражу. Приехал сам Иоанн, велел игуменов и монахов, стоявших на правеже, побить до смерти. Когда он отправился к обедне в Софийский собор, на Волховском мосту встретил его архиепископ Пимен и хотел осенить крестом; Иоанн не пошел ко кресту и назвал Пимена изменником. После обедни обедал у архиепископа и тут вдруг велел его схватить, а казну и весь двор его ограбить. Начались казни новгородцев, содержащихся под стражей. Их пытали огнем, а потом бросали в Волхов вместе с женами и детьми; чтобы никто не мог спастись, ратные люди ездили в лодках и кололи тех, которые всплывали наверх. Так продолжалось пять недель. Наконец, утомясь казнями, он велел из уцелевших граждан привести к себе с каждой улицы по одному человеку. Они явились бледные, как мертвецы, дрожа от страха в ожидании смерти. Иоанн объявил, чтобы они ничего не боялись и молились Богу о царском благоденствии, а пролитая кровь взыщется на изменниках, Пимене и его помощниках. Из Новгорода Иоанн отправился в Псков. Псковитяне встретили царя каждый перед своим домом с женами и детьми, стоя на коленях с хлебом-солью в руках. Эти знаки покорности смягчили царя. (Предание говорит, что Иоанн посетил здесь юродивого Николу Салоса, и тот, несмотря на время Великого поста, будто предложил ему кусок сырого мяса, обличая его таким образом в кровожадности.) По возвращении в Москву началось следствие о новгородской измене. Многие московские бояре и дворяне были обвинены в соучастии и казнены. В числе их погибли прежние царские любимцы Басмановы и князь Вяземский.
