Старые бояре, привыкшие запросто обходиться с великим князем, скоро заметили, что он начал держать их в почтительном отдалении, сделался строг и взыскателен; приписав такую перемену Софье, они стали питать к ней сильное нерасположение, которое обнаружили особенно по поводу вопроса о престолонаследии. От первой супруги великого князя Марии тверской у него был сын Иоанн Молодой, который считался наследником московского престола и принимал уже деятельное участие в делах правления, но вдруг он занемог и скончался, к великому огорчению отца и народа (1490). От его брака с Еленою, дочерью молдавского господаря, остался сын Димитрий. Тогда был поднят вопрос о том, кому наследовать престол: Димитрию или Василию (старшему сыну Софьи Фоминишны)? Бояре, враждебные греческой царевне, приняли сторону первого; они обвиняли Василия с матерью в неприязненных замыслах против великого князя и так успели настроить Иоанна, что он велел заключить под стражу сына, удалил от себя Софью и торжественно венчал внука Димитрия на великое княжение (1498). Но спустя несколько времени обнаружились происки бояр, что навлекло на них гнев великого князя; особенно пострадали при этом случае две знатные фамилии — князья Патрикеевы и Ряполовские: первых постригли в монахи, а одному из Ряполовских отрубили голову. Иоанн помирился с Софьей, объявил наследником Василия, а внука посадил под стражу.
В связи с этими семейными раздорами и придворными партиями появилась в Москве так называемая жидовская ересь, отвергавшая учение о Святой Троице, почитание икон, святых и т. п. Эта ересь сначала обнаружилась в Новгороде (и, по некоторым известиям, будто бы была привезена с юга, из Киева, жидом Захарием, но в Новгороде и прежде существовала подобная же ересь стригольников). Из Новгорода вместе с некоторыми духовными лицами ересь перешла в Москву. Тут в числе ее тайных последователей были архимандрит Симонова монастыря Зосима, который пользовался благосклонностью Иоанна III и даже был возведен в сан митрополита, потом Елена, невестка великого князя, и его любимый дьяк Федор Курицын. Архиепископ новгородский Геннадий первый открыл гонение на ересь; с ним соединился основатель Волоколамского монастыря красноречивый Иосиф Санин, который написал против еретиков многие обличительные проповеди. (Собрание их известно под именем «Просветителя».) Между тем как партию еретическую поддерживала при дворе Елена, жена Иоанна Молодого, православная партия нашла опору в Софье. Долго великий князь не принимал решительных мер против ереси и только в 1504 году, уже по смерти Софьи, созвал духовный собор, после которого одни из уличенных в ереси были всенародно сожжены в клетке, другим отрезали языки, многих заключили в тюрьму или разослали по монастырям. Ересь, однако, не уничтожилась.
