Поход сопровождался опустошением новгородских областей. Вместе с москвитянами шли татарские отряды, тверская дружина, и даже Псков по приказу великого князя послал войско на своего старшего брата. Новгородцы бодро вышли навстречу, но на берегах Шелони потерпели поражение от передовой московской рати, которою начальствовал князь Даниил Холмский (в июле 1471). При встрече с москвитянами конный архиепископский полк отказался от битвы по тайному наказу архиепископа Феофила. Вообще разбогатевшие новгородские граждане не отличались уже ратным духом и не могли устоять в открытом поле против опытных в военном деле московских и татарских отрядов. В числе шелонских пленников находился один из сыновей Марфы Борецкой, которого Иоанн велел казнить вместе с тремя другими боярами. Между тем Казимир IV не присылал никакой помощи, в самом Новгороде поднялась партия московских приверженцев и стала одолевать на вече враждебную сторону Борецких. Когда же от прекращения подвозов вздорожал хлеб, граждане упали духом и послали к Иоанну бить челом о мире; великий князь согласился на мир с условием, чтобы новгородцы заплатили ему 15 000 рублей.[46]
На этот раз он не уничтожил их вечевого устройства и укрепил за собою только право верховного суда. Но пока Новгород сохранял свою самостоятельность, его мирные отношения к Москве не могли быть продолжительны. Спустя шесть лет Иоанн опять рассорился с новгородцами.
В 1477 году новгородские послы приехали в Москву и назвали Иоанна «государем», тогда как прежде новгородцы называли его «господином». Послы поступили так без ведома веча (по поручению архиепископа и бояр, приверженных к Москве). Иоанн послал спросить новгородцев, «какого хотят они государства». Новгородцы подняли страшное волнение, схватили одного боярина, обвиненного в измене, изрубили его на вече топорами, убили еще двух бояр, а некоторые приверженцы Москвы спаслись бегством. Великому князю отвечали, что зовут его по-прежнему господином, а не государем, и били ему челом не нарушать старины. Но Иоанн воспользовался этим поводом, чтобы покончить с новгородским вечем.
Зимою 1478 года великий князь предпринял другой поход на Новгород с таким же многочисленным войском. На этот раз он осадил город без битвы. Московская партия, главою которой был владыка Феофил, опять взяла верх, и граждане снова просили мира. Но теперь Иоанн не хотел мириться на прежних условиях. «Хочу властвовать в Новгороде, как властвую в Москве, — сказал великий князь. — В нем не должно быть ни веча, ни посадника, а будет только моя государева воля». После многих переговоров новгородцы согласились и присягнули Иоанну как своему полновластному государю. Вечевой колокол и престарелая Марфа-посадница были отправлены в Москву. Однако волнение в Новгороде после того долго не прекращалось, потому что граждане не могли скоро забыть о своей прежней вольности. Иоанн принял самые решительные меры: он казнил зачинщиков v.смут, перевел несколько тысяч новгородских семей в восточные города, а на место их переселил купцов и детей боярских из Московской области, чем ослабил сторону, враждебную Москве, и усилил партию ее приверженцев. Кроме того, по поводу ссоры с городом Ревелем великий князь велел захватить в своих владениях до 50 ганзейских купцов, бросить их в тюрьму, а товары их отобрать в казну; торговля с Ганзою почти прекратилась, что нанесло окончательный удар благосостоянию Новгорода.
