9/22 января, когда петербургский рабочий люд разбегался в панике под братоубийственным огнем, открытым по нему по приказанию великого князя Владимира темной массой солдат, Гапон чуть было не погиб.
Он свалился рядом с Рутенбергом. Когда он пришел в себя, кругом него направо и налево валялись трупы. Рутенберг предложил выбраться оттуда, и они ползком добрались до какого-то двора, переполненного ранеными рабочими. По настоянию Рутенберга Гапон надел пальто и шапку одного из рабочих и передал ему все компрометирующие бумаги: доверенность от рабочих и петиции, которые он нес царю. Потом Рутенберг предложил ему остричься. Гапон не возражал. Окружавшие их рабочие с обнаженными головами и с благоговением, точно при великом таинстве, следили за этим символическим пострижением.
Волосы Гапона разошлись потом среди петербургских рабочих и хранились ими как реликвии.
С большим трудом Рутенбергу удалось спасти Гапона. С тех пор, несмотря на частое расхождение в мнениях, Рутенберг сделался его самым преданным другом. В своих воспоминаниях, в которых немного поражает суровость суждения автора о Гапоне даже первого периода, Рутенберг подробно рассказал всю историю взаимных отношений между ним и Гапоном. После 9 января он почти безотлучно состоял при Гапоне, поехал вслед за ним за границу и там сопровождал его всюду, помогая ему, направляя его и часто удерживая от ошибок и выпутывая его, из неловких положений, в которые он попадал благодаря своему полному незнанию революционной среды и неумению разбираться в партийных различиях и разногласиях. Вообще, если верить Рутенбергу, то он имел большое и благотворное влияние на Гапона, хотя с тревогой и болью замечал, что тот все мельчал, и нравственно и духовно падал под влиянием многочисленных и сложных факторов. Рутенберг должен был по поручению партии уезжать несколько раз в Россию, был даже раз арестован, и в его сношениях с Гапоном происходили значительные перерывы. После возвращения Гапона в Россию Рутенберг лишь случайно сталкивается с ним, относясь отрицательно к его возобновившейся деятельности среди рабочих, и, наконец, с декабря 1905 г., вследствие своего перехода на нелегальное положение, совершенно потерял его из виду.
6 февраля 1906 г. Гапон явился к нему в Москву и, если верить его заявлению, в грубой циничной форме предложил ему вступить в сношения с Рачковским, обещавшим 100 000 рублей за выдачу «боевой организации». В то же самое время Гапон рассказал ему о своих сношениях с министрами Витте и Дурново и с высшими чинами департамента полиции Рачковским, Лопухиным, Мануйловым и Герасимовым. Он также сообщил, что получил от правительства 30 000 рублей для организации рабочих и фальшивый паспорт для проживания за границей.
