После белочешского мятежа и падения Советской власти Семёнов обосновался в Чите вместе с пришедшими сюда японцами. В царской армии Семёнов был есаулом, а тут взял да и объявил себя генералом, командующим отдельной Восточно-Сибирской армией, отказался признать власть адмирала Колчака. А.В. Колчак издал приказ о предании Семёнова военно-полевому суду за «государственную измену», приказал генералу Волкову выступить из Иркутска и «привести в повиновение всех неповинующихся верховной власти, действуя по законам военного времени». Но японцы уже «нежно любили» атамана, оберегали его и поэтому заявили, что они не допустят военных действий в районе расположения их частей.
В апреле 1918 г. Семёнов установил в Забайкалье режим военной диктатуры, а в январе 1919 г. создал в Чите правительство и объявил себя атаманом Забайкальского казачества. Когда не стало своей армии у Верховного правителя Колчака, Семёнов потребовал назначить его главнокомандующим всеми силами Забайкалья и Дальнего Востока. Колчак предложил Семёнову сдать «экзамен». Он послал ему телеграмму, чтобы тот занял Иркутск. Семёнов ответил, что «оздоровить» Иркутский округ он сможет лишь тогда, когда ему подчинятся все вооруженные силы Дальнего Востока. Колчак вынужден был подписать приказ о присвоении самозванцу звания генерал-лейтенанта и назначить его главнокомандующим всеми вооружёнными силами на востоке страны. В порыве благодарности Семёнов хотел выручить Колчака и послал к Иркутску свои войска. Однако войска под командованием генерала Скиптерова были разбиты восставшими рабочими и солдатами и бежали в Забайкалье, а сам Верховный правитель вместе с золотым эшелоном попал в руки восставших и через месяц был расстрелян.
В Забайкалье Семёнов наладил такой конвейер смерти, до которого германские фашисты додумались только через четверть века. Повсюду действовали карательные отряды, выискивая и уничтожая сторонников Советской власти и сочувствующих ей. Он организовал 11 стационарных застенков. Фабрики смерти работали в Чите (в гостинице «Селкет», в домах Бадмаева, Берда), на станциях Макковеево, Даурия, в Нерчинске, в сёлах Нерчинский Завод, Онон-Борзя и других. В одном только Макковеевском застенке было расстреляно, зарублено, сожжено и утоплено пять тысяч человек. А вот какие зверские пытки применяли семёновские палачи: пороли, посыпали солью и снова пороли, поджаривали и пороли, отбивали шомполами мускулы, а кровь от порки сливали в рот избиваемому, отсекали шашками пальцы, руки и ноги, на дыбе выворачивали руки из суставов, снимали с живых скальпы, вбивали под ногти гвозди, накачивали в желудок воду, зарывали живыми в землю, сжигали на кострах, морили голодом, морозили на снегу.
