В начале января 1990 года в Цхинвал были введены подразделения милиции и национальной гвардии Грузии. Натолкнувшись на сопротивление осетинских отрядов самообороны и местной милиции, через три недели они были вынуждены оставить город. И вновь конфликт.
В течение 1991 года продолжались периодические вооружённые столкновения. Начался поток беженцев из зоны конфликта в Северную Осетию, на российскую территорию.
Грузинские полицейские силы контролировали стратегические высоты вокруг Цхинвала и осуществляли обстрелы города, приводившие к многочисленным разрушениям и жертвам. Осетинские отряды, базировавшиеся в блокированном Цхинвале, испытывали острую нехватку оружия и боеприпасов и действовали мелкими диверсионными группами. Гуманитарная ситуация в бывшей автономной области и городе была катастрофической, в госпитале города температура воздуха была около 13–14 градусов по Цельсию. Убитых приходилось хоронить в городских дворах.
1 сентября 1991 года Сессия Совета народных депутатов Южной Осетии отменила решения Собрания Советов всех уровней 4 мая как юридически неправомочное, упразднила Собрание как неконституционный орган и провозгласила Республику Южная Осетия в составе РСФСР. Это решение было аннулировано грузинским парламентом. И вновь абсолютное несогласие между народами.
В декабре 91-го внутренние войска МВД СССР покинули Цхинвал, передав вооружение осетинам.
На итоговый результат военных действий в значительной степени повлияла политическая нестабильность в самой Грузии, где в конце 1991 — начале 1992 годов началась гражданская война. А уже в конце декабря 91 года в ходе гражданской войны в Тбилиси Кулумбегов[4] был освобожден Джабой Иоселиани[5] из тбилисской тюрьмы и отправлен на вертолете в Цхинвал, где вновь возглавил Верховный Совет Южной Осетии.
В январе 92-го года в Южной Осетии прошёл референдум по двум вопросам: согласны ли вы, чтобы Республика Южная Осетия была независимой? Согласны ли вы с решением Верховного Совета независимой Республики Южная Осетия от 20 сентября 1991 года о воссоединении с Россией? Более 98 процентов ответили «да» на оба вопроса. Это ясно давало понять намерения Осетинского народа объединиться с российскими Осетинами, но Грузинские власти думали иначе.
В феврале 92-го года начались артиллерийские обстрелы Цхинвала грузинской артиллерией и бронетехникой. 20 мая того же года произошёл расстрел грузинскими боевиками у села Зар колонны беженцев, направлявшихся в Северную Осетию, было убито 36 человек в возрасте от 11 до 76 лет.
