Из-за козней завистников и собственной прямоты (Бэкон часто выражал недовольство политикой Елизаветы) Фрэнсис вскоре потерял расположение королевы. И лишь с приходом к власти Якова I Стюарта карьера скандального политика снова пошла в гору. А в 1621 г. недоброжелатели обвинили его во взяточничестве. В суде Бэкон признал, что клиенты делали ему подарки, но это, по словам обвиняемого, никак не влияло на его решения. Благодаря заступничеству Якова с Бэкона сняли обвинение, хотя лишили всех постов и запретили появляться при дворе. В последние годы жизни он занимался исключительно научной и литературной деятельностью.
Сейчас имя ученого связывают с «оккультным возрождением» в Англии и ему даже приписывают авторство пьес Уильяма Шекспира. На самом же деле Фрэнсиса интересовала только наука. Просто в то время ее называли естественной, или экспериментальной, магией, объединяя с алхимией и астрологией. Ученый выступал против любого шарлатанства в данной сфере, ратуя за «точное эмпирическое исследование реального опыта». То есть за ту магию, что создает «чудеса» научно-техническим путем. Этой теме Бэкон посвятил труды «Великое восстановление наук» и «Опыты, или Наставления нравственные и политические». Науку, в особенности прикладную, он называл законной наследницей древней магии, уже исчерпавшей свои ресурсы и вынужденной передать эстафету новым формам познания природы. Познав тайные законы материи — в первую очередь загадку взаимопревращения и взаимопроникновения веществ, — человек способен достичь высшего — божественного могущества и разработать новые законы, которые изменят его среду обитания в соответствии с высокими запросами «царя природы».
Поскольку справиться с таким замыслом в одиночку вряд ли кому-то под силу, ученый выдвинул идею создания обществ, члены которых могли бы поддерживать друг друга в начинаниях. Такие содружества совмещали бы в себе научно-культурное просвещение и просветленность божественным духом, являясь главной движущей силой духовно-научного прогресса, благодаря которому человек мог бы уподобиться Богу.
В 1620 г., в предисловии к труду «Новый Органон, или Истинные указания для истолкования», Бэкон изложил «великий план восстановления наук». Основу его учения составила теория «идолов», препятствующих познанию мира, а также принципы индукции, с помощью которых этих идолов можно свергнуть. Последних ученый разделил на четыре типа. Идолы рода — ошибки, совершаемые в силу субъективности восприятия, склонности приписывать природе человеческие качества. Идолы пещеры — ошибки, обусловленные индивидуальными особенностями мышления, которые в крайних проявлениях мешают познанию (например, консервативность мешает воспринимать новое, склонность к анализу — обобщать и т. д.). Идолы площади — ошибки, порождаемые пустыми словами, искажающими понимание реальности. Идолы театра — ошибки, совершаемые из-за приверженности догмам, суевериям и пр.
