Это в свою очередь привело к очередной стадии реорганизации радиоразведки в 1935—36 годах — выводу ИРЦ флотов из состава Службы наблюдения и связи (далее — СниС) и переформированием в самостоятельные части флотов — радиоразведывательные отряды флотов, а впоследствии — береговые радиоотряды флотов.
С этого времени флотская радиоразведка напрямую подчинялась начальникам разведывательных отделов флотов. Кроме того, 11 января 1935 года МСДВ были реорганизованы в Тихоокеанский флот (далее — ТФ).
На ТФ, несмотря на то, что в передачах японских береговых и корабельных радиостанций было довольно много открытых радиограмм с использованием специфических японских сокращений, они хотя и не сразу, но раскрывались радиоразведчиками. В декабре 1935 года главная радиостанция ВМС Японии передала боевое расписание флота на следующий год.
Полная обработка текста и сокращений этой радиопередачи позволила определить организацию и состав эскадр флота и охранных бригад военно-морских баз Японии. Было установлено, что японский флот пополняется новыми кораблями (линкорами, крейсерами, эсминцами и ПЛ). В итоге деятельность ИРЦ ТФ стала все более принимать разведывательный характер и выходить за рамки компетенции СНиС флота.
Вместе с тем, с ростом на Тихом океане как своих, так и военно-морских сил Японии, перед разведывательным отделом и СНиС флота ставились все более широкие и сложные задачи по освещению обстановки на тихоокеанском театре военных действий (далее — ТВД), а перед ИРЦ — по добыванию полных и точных сведений о японском флоте и авиации.
При этом радиосвязь ВМС и ВВС Японии продолжала последовательно усложняться как в организационно-техническом отношении, так и в части режимов и методов ее применения. Наряду с обеспечением надежности и оперативности радиосвязи особое внимание стало уделяться ее скрытности и секретности.
В целях противодействия РЭР противника начали разрабатываться и внедряться различные технические, организационные и тактические меры радиомаскировки связи, нередко даже с очевидным ущербом для экономичности и быстроты управления.
В радиопередатчиках появились устройства для изменения их тональности, расширилось применение бесквитанционных передач, сменных радиочастот (сезонных, сетевых, а также вызова, ответа, передачи и др.), сменных секретных радиопозывных кораблей и самолетов.
Стали засекречиваться служебные переговоры радистов, закрываться кодами и шифрами радиопередачи по вопросам деятельности кораблей и самолетов, упорядочиваться расписания работы радиостанций. Возможность добыть сведения о боевых силах вероятного противника привычными способами РЭР крайне сузилась.
