Быстрое развитие физико-технических наук и широкое применение за границей средств связи, прослушки и перехвата обуславливало необходимость активно развивать применение физико-технических средств для нужд советской радиоконтрразведки.
5 января 1953 года Отдел «Р» был передан в состав формируемого ГРУ МГБ. Штатная численность отдела составляла 352 человека, начальником которого до 3 ноября 1953 года был Леонид Николаевич Никитин.
5 марта того же года, после смерти Сталина, на совместном заседании Пленума ЦК КПСС, Президиума ВС и СМ СССР на базе МГБ и МВД было создано объединенное МВД СССР. Отдел ОТ МГБ был реорганизован в 5-й спецотдел, а Отдел «Р» ГРУ МГБ — 4-й спецотдел МВД СССР.
Теперь за ведение радиоконтрразведки отвечал 4-й спецотдел МВД. А аппаратурой радиоконтрразведки занималось 5-е отделение 2-го спецотдела (применения ОТ) МВД, начальником которого был назначен Григорий Иванович Заболотный.
10 февраля 1954 года Президиумом ЦК КПСС было принято решение о выделении органов госбезопасности из МВД в самостоятельное ведомство. 13 марта Указом Президиума ВС СССР был образован Комитет государственной безопасности при СМ СССР (далее — КГБ). Председателем КГБ был назначен И. А. Серов.
17 марта 1954 года 4-й спецотдел был введен в структуру КГБ, и его начальником стал П. Ф. Кузнецов. 2 июля 1959 года он вошел в состав Оперативно-технического управления (далее — ОТУ) КГБ как 4-й отдел.
Известно, что в 1962 году в рамках секретной операции «Анадырь» по доставке на Кубу баллистических ракет в группу советских контрразведчиков вошли также и специалисты радиоконтрразведки.
В результате радиоконтрразведка засекла выход в эфир агентурного передатчика в особом режиме, когда сеанс длился считанные секунды, а сообщение как бы выстреливалось. Удалось запеленговать агентурный радиопередатчик и захватить с поличным резидента ЦРУ Клемента Инклана.
В 1964 году с целью объединения усилий всех радиотехнических служб 4-й отдел (радиоконтрразведки) ОТУ был передан в состав 8-е ГУ КГБ как 11-й отдел. На протяжении 1964—72 годов службами радиоконтрразведки и радиоразведки 8-го ГУ КГБ руководил Владимир Иванович Бондаренко, будучи заместителем начальника Главка.
Согласно годового отчета 8-го ГУ КГБ в ноябре 1968 года Спецслужба КГБ (войска радиоразведки) осуществляла перехват шифрованной переписки от 2002 действующих радиостанций 115 стран мира. Подразделения радиоконтрразведки разрабатывали 24 радиоцентра органов разведки капиталистических стран, которые обеспечивали связь со 108 агентурными точками.
