Наша гипотеза состоит в том, что микробиота разных детей отличается по видовому составу, и это определяет состояние здоровья иммунной системы ребенка. Бывают ситуации, когда иммунная система начинает воспринимать частицы, не представляющие опасность для организма, как патогенные. То есть, даже в случае, если визуально не удается увидеть изменение в системе в виде определенного симптома, это не означает, что изменение не произошло. И сегодня, изучая кишечную микробиоту новорожденных с помощью новейших технологий и методов, наблюдая, какие виды микроорганизмов присутствуют в каждый временной промежуток на первом году жизни, мы можем отследить эти изменения».
О методологии
«Мы применяли так называемое секвенирование нового поколения. Это современная технология, позволяющая определить, какие именно бактерии присутствуют в образцах стула. До внедрения этого нового метода было необходимо делать посев образца стула на питательной среде и наблюдать, какие бактерии вырастут. Новая технология позволяет первым делом выделить ДНК из образца стула, затем мы делаем копии ДНК (так как мы не хотим использовать все доступные образцы ДНК), затем с помощью этих копий мы определяем последовательность ДНК, и на основании этой последовательности определяем тип бактерий.
Все бактерии имеют сходную последовательность ДНК между определенными участками. В то же время они имеют участки, отличающиеся от вида к виду, их мы называем гипервариабельными. И именно эти участки позволяют нам определить, какой именно микроорганизм перед нами.
Целью нашего проекта (и многих других сходных) является выделение этих отличных участков ДНК, чтобы не было необходимости каждый раз тратить время, деньги и энергию на секвенирование сходных участков. Если сразу выделить специфический участок и сравнить его с базой данных, то можно быстро определить тип бактерии. Таким образом, становится возможным обнаружить в образце стула присутствие Lactobacillus или Bifidobacteria (виды бактерий, присутствующие в йогурте) или, напротив, нежелательной гостьи Clostridium difficile.
В результате нашей работы база данных будет содержать образцы, собранные у 3300 детей. Недавно мы опубликовали результаты пилотного исследования двадцати четырех детей, что, конечно, пока очень маленькая цифра. Небольшое число связано с тем, что у нас заняло много времени привлечение к участию в исследовании CHILD беременных женщин и затем сбор образцов стула детей. Также довольно долгим оказался процесс выделения ДНК из образцов и их последующее секвенирование. Иногда процесс занимал неделю, так как происходила регистрация миллиардов последовательностей ДНК. Также следует учитывать, что технология, которую мы используем, еще только развивается, и когда я говорю о секвенировании нового поколения, я подразумеваю, что этот процесс постоянно совершенствуется. И есть разные платформы, на которых происходит работа.
