было показано, что рибозимы могут связываться в молекулу РНК, если их поместить на шаблон (Doudna, Szostak, 1989). Далее, ученые предположили, что такие геномы могли впоследствии повторно образовывать копии последовательностей. Есть данные, подтверждающие такой взгляд; компьютерный анализ состава большинства вироидных геномов выявил основную периодичность нуклеотидных последовательностей, с величиной периодов в двенадцать, шестьдесят или восемьдесят нуклеотидов (Jugasz, Hegyi, Solymosy, 1988). Вероятно, здесь коренится механизм расширения РНК-геномов путем тандемной дупликации фрагментов (Diener, 1989); помимо создания мозаичных ансамблей, это могло стать механизмом, лежащим в основе эволюции вироидных геномов. Был высказан и еще один аргумент в пользу того, что размер генома практически ограничен частотой ошибок в репликоне. Принятие модели репликации по механизму вращающегося круга позволяет объяснить увеличение размеров дочерних геномов в сравнении с родительскими геномами. Полагают, что результирующий избыток информации, содержащейся в этих продуктах репликации, является основой обхода ограничений на частоту мутаций в этих простых геномах, где она и без того была высока. Повторение информации гарантирует, что каждый геном содержит функционирующие формы всех необходимых генетических элементов; в такой ситуации гарантировано сохранение по крайней мере одного жизнеспособного генома (Flores et al., 2014).
Все вместе эти предположения отводят вироидам место исходных доклеточных репликонов. Если это действительно так, то можно лишь удивляться тому, что они смогли сохранить заметные признаки своих предков, несмотря на огромную эволюционную дистанцию между ними. Мы поместили их в древние (гипотетические) цианобактерии, а также в хлоропласты и ядра эукариотических растительных клеток. Если все же они являются эволюционными реликтами первичных РНК-содержащих паразитов, то становится трудно примирить их исключительную привязанность к покрытосеменным и полное их отсутствие в других царствах живых существ (Koonin, Dolja, 2014). Вероятно, это стало следствием вымирания и замещения следующими генетическими линиями с уже развитым способом существования, но вполне вероятно, что со временем будет выдвинута и другая объясняющая гипотеза. Некоторые эволюционисты высказываются в пользу возможности того, что вироиды могут быть предками определенных мобильных генетических элементов, другие же считают, что они все же являются предшественниками современных интронов, которые обнаруживаются практически во всех эукариотических РНК-транскриптах, но есть и такие ученые, которые полагают, что объяснение их происхождения следует искать в их эволюции после возникновения растительного мира.
