В 1274 году возобновилось завоевание новых областей Пруссии — Скаловии, Надравии и Судовии. Однако в некоторых землях восстание еще продолжалось и крестоносцы подавляли его с большой жестокостью. По приказу прусского ландмейстера Конрада фон Цирберга почти все жители Погезании были выселены в западные области. Многие местные жители, спасаясь бегством, уходили вместе с семьями в соседнее Литовское княжество и оседали в предместьях Гродно.
Восстание пруссов постепенно угасало. Свидетельством тому явилось освобождение орденом части своего войска от борьбы с повстанцами для новых завоеваний. В это время мемельский комтур хитростью захватил в плен одного из руководителей повстанческого движения в Скаловии. На привале пленного привязали к дереву, чтобы тот не убежал. Когда стража уснула, прусс сумел освободиться. Однако, вместо того, чтобы убегать, он схватил меч у одного из спящих и атаковал крестоносцев. Повстанец убил рыцаря и трех кнехтов, а четвертому отрубил руку. Остальные крестоносцы проснулись, разбуженные шумом, и зарубили взбешенного повстанца.
В 1283 году была завоевана последняя прусская провинция — Судовия. Она оказалась сильно опустошенной — много пруссов погибло в сражении. Часть была выселена крестоносцами в иные земли, часть пруссов бежало в Литву. На место погибших и бежавших являлись колонисты из Германии. Те местные жители, которые приняли католическую веру под принуждением, еще долгое время, до XVI века, сохраняли втайне свою языческую веру.
Для того, чтобы покорить Пруссию в течение полувека, потребовались колоссальные усилия не только Тевтонского ордена, но и дворянства всей Священной Римской империи. Местному населению в результате 52 лет ожесточенной борьбы были нанесены такие невосполнимые потери, что, в конце концов, пруссы перестали существовать как самостоятельный этнос.
Внутренняя политика орденской державы на территории Пруссии строилась умело и целеустремленной Чтобы привлечь на обезлюдевшие земли побольше немецких колонистов, крестоносцы утвердили новое хелминское право. Было введено фламандское право наследственности — равенство в этом вопросе мужчины и женщины. Согласно венгерскому праву разрешалась свободная охота на диких зверей, за исключением бобров. Использовались также магдебургское и польское право.
Пруссы были разделены на две категории — вольные и рабы. Те, кто сохранили верность ордену во время восстания 1260—1274 годов, имели больше прав. Бывшие повстанцы — невольники — жили в особых деревнях, имели небольшие хозяйства и работали на крестоносцев. Они не могли селиться в городах. Местное дворянство было онемечено.
