Пока Хасмонейская династия сохраняла свою первоначальную простоту и пока оставалась угроза извне, национальное единство было прочным. К концу правления Иоанна Гиркана характер правящего дома начал меняться. Раввинская традиция многозначительно говорит об этой перемене в правителе, который "семьдесят лет был первосвященником, а к концу стал саддукеем". Его преемник Аристобул присвоил титул царя, перенял греческие обычаи и затеял дворцовую интригу, которая закончилась заключением в тюрьму его матери и убийством брата. Александр Яннай вел себя как восточный деспот, неразборчивый в средствах, кровожадный и экспансивный; его власть держалась на чужеземных наемниках.
В его правление как раз и произошел окончательный раскол.
На пиру по случаю возвращения царя из удачного военного похода вождь фарисеев открыто потребовал от него разделить гражданскую и религиозную власть, которая находилась в его руках, и отказаться от одной их них. В ближайший праздник Кущей, когда царь-первосвященник совершал богослужение в Храме, он открыто выразил свое презрение к учению фарисеев, совершив возлияние не на алтарь, а на свои ноги; эта деталь показала его отношение к новой церемонии, не предписанной в Пятикнижии. Разгневанный народ забросал его цитронами (этрогами), принесенными в Храм в честь праздника. Порядок был восстановлен лишь ценой большого кровопролития. (Другой рассказ относит этот эпизод к царствованию Иоанна Гиркана, отца Янная).
Началась ожесточенная и многолетняя гражданская война. К концу царствования Янная оппозиция была разбита. Понимая, однако, что правителю не столь энергичному, как он, будет нелегко удержать власть без поддержки всех слоев населения, Яннай на смертном одре заявил о необходимости примирения.
Янная сменила на троне его жена Саломея Александра (76-67 гг. до н. э.). Ее брат Шимон бен Шетах был одним из вождей партии фарисеев, и потому она тем более была склонна последовать совету мужа. Факт ее восхождения на престол свидетельствует о высоком положении женщины в еврейском обществе в этот период, так как оба ее сына были достаточно взрослыми, чтобы не нуждаться в регенте. Старший, Гиркан, обладавший пассивным и сговорчивым характером, был назначен первосвященником; младший, Аристобул, возглавил армию. По сравнению с постоянными войнами предыдущих царей семь лет правления Саломеи были мирными. Старая правительница (ей было 70 лет, когда она взошла на престол) сумела сохранить равновесие между обеими враждующими группировками в стране.
