Еврейский “национализм”, как и в случае с другими наказанными народами, было решено покарать. 20 ноября 1948 года Политбюро ЦК постановило “немедля распустить” ЕАК. Вскоре были арестованы 15 членов его президиума и активистов, в их числе поэты Д. Р. Бергельсон, Л. М. Квитко и П. Д. Маркиш; С. Л. Брегман, заместитель министра Госконтроля РСФСР; B.Л. Зускин, занявший пост Михоэлса в еврейском театре; И. С. Фефер, секретарь ЕАК; Б. А. Шимелиович, главный врач Центральной клинической больницы имени С. П. Боткина; академик Л. С. Штерн, руководительница Института физиологии Академии медицинских наук; И. С. Юзефович, научный сотрудник Института истории АН СССР. Аресту подверглись также С.А. Лозовский, отвечавший за работу ЕАК по линии государственных структур, и Жемчужина, оказывавшая протекцию комитету.
Абакумов проявил медлительность в организации расследования “дела ЕАК”. (Оно завершено уже без его участия летом 1952 года.) Появились подозрения, что делает он это намеренно. Такое предположение высказано 2 июля 1951 года в письме следователя по особо важным делам МГБ СССР М. Д. Рюмина на имя Сталина, которое готовилось с помощью аппарата Маленкова. В нём утверждалось, что Абакумов сознательно тормозил расследование дела “еврейского националиста” кардиолога Я. Г. Этингера (арестован 18 ноября 1950 года, умер в тюрьме 3 марта 1951-го; дал показания о том, что “имел террористические намерения”, “практически принял меры к тому, чтобы сократить жизнь” А. С. Щербакова в 1945 году). Абакумов признал показания “надуманными”, приказал перевести больного врача в сырую и холодную камеру, где тот умер. Намеренное умертвление якобы помешало получить сведения о вредительской деятельности врачей.
Немедленно созданная постановлением Политбюро комиссия в составе Маленкова, Берии, заместителя председателя Комиссии партийного контроля при ЦК партии М. Ф. Шкирятова, представителя ЦК в МГБ С. Д. Игнатьева (министр госбезопасности с августа 1951 года) должна была проверить изложенные Рюминым факты. Факты были признаны объективными. Так зародилось “дело врачей-отравителей”, будто бы погубивших членов Политбюро А. С. Щербакова, А. А. Жданова, старавшихся вывести из строя маршалов А. М. Василевского, Л. А. Говорова, И. С. Конева и др. По версии Рюмина, евреи решили сделать Абакумова марионеточным диктатором и за его спиной править страной. При этом деятели культуры и искусства обеспечивали бы связи с американцами, врачи-убийцы должны были устранять лидеров страны, открывая путь Абакумову, офицеры МГБ — непосредственно захватить власть.
