Тем не менее Гуам был важен в военном отношении из-за своих размеров и географического положения в Тихом океане. Во время Первой мировой войны Япония была союзницей США, и Гуам никоим образом не был вовлечен в военный конфликт. Однако напряженность возникла 8 декабря 1941 года, когда на Гуаме получили сообщение о нападении японцев на Перл-Харбор; через несколько часов они атаковали и Гуам. Истребители «Мицубиси», поднявшись с аэродромов расположенного в сотне миль от Гуама острова Сайпан, пронеслись над Аганой на бреющем полете, накрывая город пулеметным огнем. Через два дня японская пехота с острова Рота высадилась на Гуаме. Остров, естественно, не смог оказать сколько-нибудь значимого сопротивления.
Японская оккупация ознаменовалась жестокостями и трудностями, сравнимыми с насилием и тяготами испанского владычества. Многие чаморро были убиты, подвергнуты пыткам или направлены на принудительные работы. Другие бежали из своих деревень, чтобы пережить оккупацию среди холмов и в диких джунглях. Семьи и целые деревни были разорены, оккупационные власти реквизировали земельные участки и запасы продовольствия. На острове наступил неизбежный голод. Саговники составляли значимую часть рациона островитян в течение предшествовавших двухсот лет, а теперь стали почти единственным источником пищи. Немало островитян было убито уже в конце войны, когда японцы свирепствовали, понимая, что до поражения остались считаные дни и остров скоро будет «освобожден» американцами. Чаморро много страдали во время японской оккупации и поэтому восторженно встречали американских солдат как своих освободителей.
Настоящая американизация Гуама началась уже после 1945 года. Агана, где до войны жила половина населения острова, была до основания разрушена во время боев, и ее пришлось отстраивать заново; восстановление преобразило столицу. На месте городка с низенькими традиционными домами появился американский город с бетонированными дорогами, заправочными станциями, супермаркетами и высокими многоквартирными домами. Началась массовая иммиграция чиновников, их семей и обслуживающего персонала. Население острова увеличилось с предвоенных двадцати двух тысяч до более чем ста тысяч человек.
Гуам как военная база оставался закрытым для туристов и иммигрантов до 1960 года. Север и северо-восток острова с лучшими пляжами и древним поселением Сумай (захваченным японцами в 1941 году и разрушенным американцами в 1944-м) отошли военно-морской базе и были закрыты даже для чаморро, которые искони там жили. С 1960 года на остров хлынули массы туристов и иммигрантов — десятки тысяч филиппинских рабочих и миллионы японских туристов, что потребовало строительства полей для гольфа и шикарных гостиниц.
