Если миссионеры преуспели в физическом спасении населения Понпеи (оно не было почти полностью уничтожено, как население Типи, описанное Мелвиллом), то спасение это было куплено за высокую духовную цену. Торговцы и бродяги-авантюристы рассматривали Понпеи как богатую добычу, как место бессовестного грабежа и эксплуатации; миссионеры же видели в Понпеи остров, населенный языческими душами, жаждавшими обращения к Христу. К 1880 году на Понпеи было четырнадцать церквей, распространявших чуждые мораль и верования среди сотен новообращенных, включая нескольких местных вождей. Миссионеры были посланы также на Пингелап и Мвоакил. Тем не менее, как мараны в Испании, местные жители приняли новую веру только внешне, а под покровом этого почти поголовного обращения продолжали придерживаться старых обычаев и ритуалов.
Пока прибрежные бродяги и миссионеры яростно сражались друг с другом, немцы не спеша строили на Каролинских островах свою империю, основанную главным образом на торговле мякотью кокосовых орехов — копрой. В 1885 году Германия заявила о своих притязаниях на Понпеи и все Каролинские острова. Эти притязания были немедленно оспорены Испанией. После того как папский арбитраж присудил Каролины Испании, немцы убрались восвояси, и наступил короткий период испанской гегемонии. Господство испанцев было встречено недовольством населения. Начались бунты, которые всякий раз жестоко подавлялись. Испанские колонисты укрепили Месениенг (назвав его Ла-Колония) и возвели вокруг него высокую каменную стену, которая к 1890 году почти полностью окружила город. Часть стены сохранилась до наших дней, хотя в основном она была разрушена последующими колонистами и бомбардировками союзной авиации в 1944 году. Фрагменты стены и старинная католическая церковь дают некоторое представление о том, как Колония выглядела сто лет назад.
Испанское правление закончилось с поражением Испании в войне с США, и вся Микронезия была продана Германии за четыре миллиона долларов (за исключением Гуама, который остался в руках американцев). Исполнившись решимости превратить Понпеи в прибыльную колонию, немцы запустили обширные сельскохозяйственные проекты, очистив весь остров от прежней растительности под посадки кокосовых пальм. На плантациях немцы использовали принудительный труд, заставляя туземцев, помимо всего прочего, строить дороги и привлекая их к общественным работам. Немецкая администрация обосновалась в городе, который отныне назывался просто Колония.
