Обладая широким кругозором и просвещенным умом, не боясь обращаться к «поганым» иноземным докторам и вообще к «басурманам» (от чего категорически предостерегала тогда православная церковь, в частности патриарх Иоаким), князь, однако, не мог освободиться от свойственной эпохе суеверности. Как-то сопровождавший его дворянин Бунаков в приступе падучей болезни взял горсть земли и завязал в платок. Голицын, заподозрив в Бунакове чародея, подумал, что тот якобы «вынимал след для его порчи», и повелел подвергнуть его пытке. Также при деятельном участии князя были сожжены заживо за ересь лжепророк из Немецкой слободы Квирин Кульман и единомышленник последнего Конрад Нордерман. Впоследствии апологеты Петра обвиняли Голицына в том, что он верил в колдовство и ведовство, – хотя и сам Петр в 1716 году включил в новый военный устав направленные против колдунов карательные меры.
В 1687 и 1689 годах Голицыну пришлось возглавлять два похода российской армии в Крым. Понимая всю сложность намеченного предприятия, он стремился уклониться от обязанностей главнокомандующего, но его недоброжелатели настояли на назначении. Их усилия увенчались успехом: обе крымские кампании оказались неудачными. Они не решили главной задачи – обеспечить выход России к Черному морю, были сопряжены с огромными людскими потерями, подорвали репутацию князя и, как заключили некоторые, лишили его Софьиных ласк: новым фаворитом царевны стал Федор Шакловитый, кстати, выдвиженец того же Голицына. Скорее всего, однако, увлечение царевны Шакловитым не было связано с военными неудачами князя: царевна всегда встречала его войска как триумфаторов, щедро их награждала и никогда не признавала за ними поражения. Она даже присвоила Голицыну – впервые в российской истории – звание генералиссимуса.
Его падение явилось неизбежным следствием низвержения регентства Софьи Алексеевны, заключенной сводным братом в Новодевичий монастырь. Хотя Василий Васильевич не принимал участия ни в борьбе за власть, которую вела царевна, ни в заговорах против Петра, ни в стрелецких бунтах, такой исход был предрешен. По воле нового царя в сентябре 1689 года Голицыну был вынесен приговор: его вина была в том, что докладывал дела державы царевне, а не Петру и Ивану, писал от их имени грамоты и печатал имя Софьи, словно монархини, в книгах без царского соизволения. Но главным пунктом обвинения были неудачные крымские походы князя, в результате которых казна понесла великие убытки. Последнее из обвинений носило тенденциозный характер: немилость царя за крымские поражения пала на одного Голицына, в то время как другой активный участник этих походов, гетман Иван Мазепа, был обласкан царем. Кроме того, известно, что ни сам Петр, ни его преемники так и не покорили Крым, – в состав Российской империи он был включен только в 1783 году.
