Партизанское движение прежде всего разгорелось в штатах, захваченных врагом. Одними из первых поднялись на борьбу калифорнийцы, возмущенные хозяйничаньем в их стране американской военщины. Во всех оккупированных штатах Мексики (Тамаулипас, Нуэво-Леон, Коауила, Новая Мексика и Калифорния) американское командование размещало свои гарнизоны, создавало новые органы гражданской власти из числа североамериканских переселенцев и военных, а также из числа предателей-мексиканцев. Захватчики систематически грабили местное население — реквизировали скот, продовольствие и вводили тяжелые налоги.
В сентябре 1846 г. тысяча вооруженных индейцев из Вальявала осадила форт Саттер. 23 сентября жители Лос-Анхелеса во главе с капитаном Флоресом напали на размещенный в городе американский гарнизон и заставили его капитулировать. Американский флаг был сорван, и на его месте был снова водружен мексиканский флаг. То же самое происходило и в других местах.
К концу ноября 1846 г. почти вся Калифорния находилась в руках мексиканских патриотов. Захватчики удерживались только в некоторых портах — Сан-Франциско, Монтеррее, Сан-Диего, но и эти пункты были осаждены партизанами. Правительство США вынуждено было направить в Калифорнию крупные силы, чтобы сохранить власть над этой территорией. В Нью-Йорке был набран полк волонтеров специально для отправки в Калифорнию.
Войска и оружие направлялись как морем вокруг мыса Горн, так и сушей. 2 декабря 1846 г., когда отряд завоевателя Новой Мексики генерала Кирни достиг границы Калифорнии, стало известно, что повстанцы освободили всю территорию этого штата. В сорока милях от Сан-Диего Кирни соединился с посланным ему навстречу отрядом капитана Джиллеспая. На рассвете 6 декабря близ индейской деревни Сан-Паскуаль их атаковали партизаны во главе с Андресом Пико. Несмотря на малочисленность (отряд Пико насчитывал не более 180 человек), партизаны нанесли значительный урон оккупантам — американцы потеряли 33 человека убитыми и ранеными, причем в числе раненых оказались начальник отряда генерал Кирни и капитан Джиллеспай. Даже враги «были восхищены необычайной смелостью, проворством и находчивостью мексиканских партизан»[172]. С большим трудом Кирни удалось добраться до Сан-Диего (по пути его еще несколько раз атаковали партизаны).
Приняв на себя командование всеми сухопутными американскими силами в Калифорнии, Кирни двинул войска на главный штаб повстанцев в Лос-Анхелесе и во взаимодействии с флотом взял его после трехдневного штурма (8-10 января 1847 г.). 12 января, через два дня после взятия Лос-Анхелеса, туда прибыл и капитан Фрэмонт с новым отрядом в 400 человек, который он организовал среди американских переселенцев в северной и центральной Калифорнии. Вскоре агрессоры взяли миссию Сан-Луис-Обиспо, захватили вождя местных партизан Хесуса Пико и приговорили его к смертной казни. После установления господства США в Калифорнии главой оккупационных властей стал Кирни, причем не без борьбы со своими соперниками Стоктоном и Фрэмонтом
