В столице по образцу якобинского клуба времен Французской революции XVIII века образовалось федералистское общество, заседания которого проходили в университете. Народ требовал дать решительный отпор американским захватчикам, заменить армию национальной гвардией, конфисковать церковное имущество, ликвидировать привилегии духовенства и армии, расправиться с монархистами. Общенациональное стремление защитить родину от агрессора перемежалось в этих требованиях с борьбой за демократизацию общественного строя Мексики.
Выборы в конгресс, проведенные на более демократических основах восстановленной конституции 1824 г., принесли победу партии пурос.
Модерадос и консерваторы оказались в меньшинстве. 6 декабря 1846 года состоялось открытие конгресса. Санта-Анна был избран президентом и главнокомандующим, а лидер пурос Валентин Гомес Фариас — вице-президентом. Фактически вся власть оказалась в руках пурос, которых поддерживали широкие народные массы. Приняв командование армией, Санта-Анна еще в сентябре отправился в город Сан-Луис-Потоси, который он избрал местом для штаб-квартиры; сюда должны были прибыть контингенты рекрутов, набранные согласно приказу о повой мобилизации в армию, опубликованному 15 сентября 1846 г. Из Сан-Луиса Санта-Анна должен был двинуться навстречу американским войскам, которыми командовал Тэйлор.
Между тем военное положение Мексиканской республики продолжало ухудшаться. Летом и осенью 1846 г. флот США приступил к захвату крупных портов на побережье Мексиканского залива. В августе 1846 г. коммодор Коннер, получив сообщение, что в Альварадо, в 60 милях к югу от Веракрус, укрылось несколько небольших мексиканских судов и что через этот порт Мексика ведет торговлю, пытался захватить порт. 7 августа эскадра Коннера прошла мимо Альварадо, обстреляв его, но попытка высадить десант не удалась — на защиту города поднялось население всех близлежащих мест, прибыла милиция из Тлакотальпама и других деревень. Вторично враг пытался занять город 15 октября, но жители и на этот раз заставили уйти поенные корабли США. За свою самоотверженную борьбу с агрессорами Альварадо стал называться городом-героем.
Возвратившись на свою базу в гавань Антон Лисардо, в 12 милях южнее Веракрус, Коннер направил экспедицию под командованием коммодора Перри против городов на реке Табаско. 23 октября Перри занял небольшой порт Фронтеру в Табаско и захватил два находившиеся там торговые судна. На следующий день 7 военных кораблей с десантным отрядом в 500 человек направились вверх по течению Грихальвы, чтобы захватить главный город штата Табаско. После отказа властей сдать город без сопротивления американцы под прикрытием беглого огня приступили к высадке десанта. Но гарнизон столицы, не превышавший 250 человек, и жители города отразили атаку врага, несмотря на недостаток оружия и боеприпасов. Тогда американские корабли открыли по непокорному городу жестокий огонь, разрушая дома и убивая мирных жителей. В связи с этим губернатор штата Хуан Траконис заявил коммодору Перри протест против «вандальского метода ведения военных действий, нарушающего всякие международные правила»
