Дэвид Кэссиди напоминает [13], что к моменту начала Второй мировой войны Гейзенберг прожил под властью Третьего Рейха около семи лет: "За эти годы многое произошло, и какие бы то ни было вопросы относительно компромиссов, на которые необходимо пойти, чтобы остаться в Германии, были для него давно разрешены".
Одно из событий, заставивших Гейзенберга пережить серьезный кризис, произошло в июле 1937 года, когда в официальном органе СС газете "Черный корпус" была опубликована статья под заголовком "Белые евреи в науке". Ее автор, нацист Йоханнес Штарк, утверждал, что такие ученые, как Вернер Гейзенберг и Макс Планк - покровители и подпевалы евреев, что немецкая наука не нуждается в их услугах, и что лучше всего было бы поступить с ними как с евреями. В ответ на этот выпад Гейзенберг отправил письмо Гиммлеру, в котором писал: "Если взгляды господина Штарка совпадают с мнением правительства, я, разумеется, буду просить об отставке. Если же, как горячо уверяет меня Министерство образования, это не так, я прошу Вас, как Рейхсфюрера СС, оградить меня от нападок в вашей официальной газете".
Гиммлер отреагировал на письмо Нобелевского лауреата и назначил для выяснения ситуации комиссию из трех офицеров СС, физиков по образованию. Расследование продолжалось около года, в течение которого Гейзенберг был «невыездным». По окончанию проверки комиссия решительно высказалась в пользу Г ейзенберга, но и после этого он должен был отчитываться в гестапо по каждой своей заграничной командировке, а также периодически объясняться и оправдываться на страницах нацистских изданий, которые продолжали его, периодически, «клевать».
В 1938 году, в начале войны, 37-летний Гейзенберг, как резервист был призван в армию и вместе со своей частью ожидал приказа двинуться на фронт. Но в конце сентября его отзывают в Берлин, как физика-атомщика. С этого времени начинается его работа над немецким урановым проектом, который отнюдь не являлся проектом разработки атомной бомбы. Позднее, после войны, он написал о том периоде своей жизни: "Лозунг правительства был: "Мы должны использовать физику в военных целях". Мы переделали его: "Мы должны использовать войну в интересах физики".
В 1939 году военно-техническое управление немецкой армии поручило Гейзенбергу изучить две проблемы - насколько реально создание атомной бомбы, и могут ли противники Германии сделать её при имеющихся на то время технологиях. На изучение вопроса ушло почти два года. В 1941 году Гейзенберг понял, что наука вплотную подошла к рубежу возможности создания атомной бомбы. Но военному командованию Рейха он доложил об этом иначе - создание такого оружия, в принципе, возможно, но это настолько технически трудно и капиталоемко, что займет много лет на отработку новых технологий и потребует привлечения колоссальных материальных и финансовых ресурсов.
