Однако, сразу же, после прихода к власти аятоллы Хомейни, «Муджахидин Халк» понял, что ему ничего не достанется от пирога власти. Почти сразу же организация начала действовать против новой власти, сначала устраивая лишь мирные демонстрации, затем, уйдя в подполье, приступила к террористическим действиям. Люди Хомейни преследовали членов организации и «революционные суды» осуждали их на смерть. Расстрелы становились все более массовыми.
В 1981 году главы организации, сумевшие бежать во Францию, создали там главный штаб при поддержке французского правительства. Глава организации Масуд Раджави присоединился в Париже к Абу Аль-Хасану Бани-Садру, который, как говорится, был вскормлен Хомейни. 4 февраля 1980 года Хомейни назначил его президентом Ирана. Аятолла вырвал листик из блокнота, на каждой странице которого красовался символ шахской власти и написал на нем, что назначает Бани-Садра президентом и главой вооруженных сил Ирана. Однако, в противовес этому, давний враг Бани-Садра аятолла Бахашти после всеобщих выборов получил власть над парламентом. В конце концов Хомейни предпочел Бахашти, и рассвирепевший Бани-Садр уехал в изгнание.
Раджави поверил Бани-Садру, что за последним стоит значительная часть армии Ирана, которая сможет нейтрализовать «стражей революции» и даст возможность организации овладеть Тегераном. Оба изгнанника были уверены, что в течение нескольких недель вернуться победителями в Иран.
В это же время, без ведома Бани-Садра, организация, запланировала уничтожить аятоллу Бахашти и большинство ключевых фигур правительства Хомейни.
28 июня 1981 года, когда война между Ираком и Ираном шла полным ходом, бомба огромной мощности взорвалась в штабе «Республиканской исламской партии», на юге Тегерана. Бахашти и с ним 70 других руководителей власти были убиты на месте, среди них – десять министров и заместителей министров. Хашеми Рафсанджани спасся от смерти, покинув заседание за несколько минут до взрыва. Гибель Бахашти и остальных известных лиц вызвала страшную панику в Тегеране. В течение нескольких часов казалось, что власть Хомейни находится на грани полного развала. Но аятолла сумел сплотить ряды своих сторонников, призывая отомстить за «смерть героев».
Террор против Хомейни продолжался. 30 августа взрывом была уничтожена часть здания министерства главы правительства. Избранный президентом Ирана Али Раджаи и новый глава правительства Джевад Бахунар погибли. Министр внутренних дел, который остался жив, ибо опоздал на заседание, долженствующее обсудить меры по борьбе с террором, тут же был назначен новым премьер-министром.
