Синезий мучительно глубоко осознавал свои прежние языческие грехи перед христианством, хотя принял его с восторгом. Колебания и разочарования заставляли его иной раз сомневаться даже в действенности молитвы, в чем он, став христианским епископом, открыто каялся александрийскому патриарху Теофилу. Более того, он даже формулирует свои расхождения с ортодоксальным христианством и сообщает о них тому же Теофилу, который, несмотря на подобные признания, все-таки сделал Синезия епископом.
Синезий пишет ему: «Я никогда не поверю тому, чтобы душа происходила после тела; я никогда не скажу, чтобы мир и его различные части погибли с ним. Это воскресение, о котором столько говорят, я считаю просто священной и таинственной аллегорией и далек от того, чтобы согласиться с мнением черни».
Для характеристики свободы и широты философских воззрений Синезия лучше всего, может быть, привести его учение о троичности. Необходимо сказать, что в первоначальной, доникейской, теологии сохранялась та онтологическая иерархия, которая характерна для всех языческих философов, включая стоиков и неоплатоников. Признавалось то или иное высшее начало, а все прочее трактовалось как истечение, или эманация, этого первоначала. Христианство, признававшее за первоначало абсолютную личность, никак не могло остановиться на такой языческой субординационной позиции, которая была не чем иным, как только последовательным пантеизмом, исключавшим всякий персоналистический монотеизм.
Синезий как христианин, конечно, отрицал такое эманационное представление о мире и потому отрицал всякую субординацию также и в божественной троице. Однако он все-таки был воспитан на языческом неоплатонизме и до конца оставался неоплатоником, признавшим теорию трех основных ипостасей в их взаимной субординации: выше всего первоединство, ум — гораздо более низкое бытие, и космическая душа — еще более низкая ступень. Последовательно проведенный субордииационизм создал в христианстве теорию Ария, которая и была отвергнута на I Никейском соборе 325 г. Как же должен был поступить Синезий?
Итак, философия Синезия подвижна. Он не мог поступиться христианством и не оставлял языческого неоплатонизма. Более того, подробное исследование подтверждает постоянное и настойчивое стремление Синезия примирить то и другое. И мы закономерно причисляем Синезия к александрийскому неоплатонизму — к переходной в высшей степени философской эпохе. Сомнения Синезия, неуверенность его в своей пригодности для высокого христианского поста — все это отражает суть мировоззренческих колебаний, характерных для того времени, для александрийского неоплатонизма. Для этого последнего чувственно-материальный космос, конечно, оставался высочайшей красотой, и ни в одной из частей его трехипостасной структуры не было никаких сомнений. Но, с другой стороны, философская эстетика чувственно-материального космоса была отравлена представлениями об абсолютной личности, которые повелительно требовали признавать чувственно-материальную красоту космоса уже только как творение надкосмической личности.
