Наряду с послушанием, старец Эмилиан настаивал на необходимости аскетических упражнений в обращении внутрь себя, трезвении и молитвы. Ему хотелось, чтобы монах был подобен херувиму, чтобы его ум был внимательным, на страже от всякого прилога греховного помысла, чтобы он был в состоянии готовности и духовной бдительности при непрестанном призывании божественного имени. «Господи Иисусе Христе, помилуй мя» — это кислород для монаха. Старец не считал монахом того, кто не сделал эту молитву своим достоянием.
Одновременно большое значение он придавал отношениям монаха с братьями, межличностным взаимоотношениям. Качество монаха, говорил геронда, отражается в его обращении с братьями. Все христиане, но прежде всего монашествующие должны, по апостольской заповеди, оказывать послушание друг другу: «Все же, подчиняясь друг другу, облекитесь смиренномудрием». Такая самоумаляющаяся любовь являет их родство с кротким и смиренным сердцем Христом.
Геронда Эмилиан — анатом и врач человеческих душ. Он обладает способностью проникнуть в глубину души послушника, поставить диагноз его духовному состоянию, выявить действие страстей и помыслов, найти причины их появления и предоставить способы их врачевания.
Для современного православного монашества он стал личностью харизматичной. Старец Эмилиан непосредственно общался и был тесно связан со многими благодатными старцами своего времени. Особенно он чтил старца Сосррония (Сахарова) из Эссекса, с которым его связывала давняя духовная дружба. Теронда считал его «прекрасной звездой» Церкви, а его писания — сокровищем, новым «Добротолюбием».
Увидеть возрождение и процветание монашества на греческой земле было мечтой и горячим желанием старца Эмилиана. И он всячески способствовал обновлению, организации и приведению в действие общежительного монашества в наше время. В начале 70-х годов XX века, как член специальной комиссии Священного Синода Элладской Церкви по развитию монашества, он написал три детально проработанных статьи о правильной организации общежительных монастырей. Он составил также «Внутренний Устав Священной Благовещенской Киновии», то есть женского общежительного монастыря в Ормилии, основателем, ктитором и духовным руководителем которого он стал. Сестричество этого монастыря насчитывает сегодня более ста двадцати монахинь. Этот устав, основанный на ктиторских уставах святых отцов, несет печать личного опыта старца Эмилиана и умело приспособлен к нуждам наших дней. В нем всесторонне описывается жизнь общежительного монастыря: порядок принятия в послушники и пострижения в монахи, различные послушания, келейное времяпрепровождение, организация системы управления и богослужебной жизни обители. Многие греческие монастыри взяли этот устав за основу для собственных внутренних уставов; и было бы очень хорошо, если бы и русские обители его внимательно изучили.
