Пинкасова синагога была построена в 1519–1535 годах. Первоначально на этом месте был молитвенный дом — о нем имеется упоминание в записях 1492 года в связи с домом «У Эрбов», раввином Пинкасом и уважаемой семьей Горжковских. Синагога была поставлена на месте старого поселения. Археологические исследования обнаружили здесь сводчатые подземные помещения с ритуальной баней и остатки нескольких колодцев.
Первоначальное здание синагоги, фундаменты которого обнаружены во время раскопок, было построено в XI веке в романском стиле. По-видимому, археологи нашли здесь остатки одной из древнейших, если не самой древней, пражской синагоги. На том же месте, принадлежавшем в XIV веке Пинкасу, построил новую синагогу в позднеготическом стиле в 1535 году — как указывает мемориальная доска — Жальман Горжковский по прозванию Мунка. В 1625 году Иуда Гольдшмид де Герц перестроил синагогу в позднеренессансном стиле, присоединив к ней галерею для женщин, вестибюль и зал для заседаний.
Предположение, что на месте Пинкасовой синагоги когда-то находилась древнейшая синагога пражских евреев, послужило основой ее превращения в мемориальный Памятник жертвам нацизма, погибшим в 1939–1945 годах. В 1954–1959 годах интерьер синагоги, согласно проектам академических художников Иржи Иона и Вацлава Баштика, был переделан на памятник жертвам нацизма с именами и датами жизни и смерти 77 297 еврейских жертв из Чехии и Моравии. Их имена написаны на всех стенах главного нефа синагоги и рядом с ним. Списки жертв были составлены по сохранившимся транспортным карточкам. На стене, где находился футляр для Торы, написаны названия нацистских концентрационных лагерей.
Синагога стоит на месте, которое в прошлом часто страдало от наводнений. После катастрофического для города наводнения в 1860 году она была поднята на один метр и фактически заново отстроена. После сильнейшего наводнения в 2002 году Пинкасова синагога была закрыта. Вода повредила не только здание синагоги, но и настенные надписи. Ликвидация последствий наводнения продолжалась более года, и сейчас синагога вновь открыта для посещений.
ЛЕГЕНДА О ПИНКАСЕ
Когда-то в Праге жил бедный еврей, который, чтобы выбиться в люди, днем ходил с мешком по улицам, покупая старую одежду, а ночью изучал в своей бедной коморке при тусклом свете лампы Талмуд. Его бедное ремесло не приносило ему, несмотря на все усердие, столько, чтобы ему хватало на самое необходимое, и он с женой и детьми умер бы от голода, если бы один добросердечный граф не поддерживал его. Каждую пятницу граф просил своего подопечного показать прибыль с предыдущей недели, и если ее оказывалось недостаточно для того, чтобы по правилам и закону отпраздновать субботу, граф вынимал кошелек и добавлял недостающие деньги. И перед другими праздниками Пинкас — так еврея звали — должен был подсчитать графу, сколько ему необходимо для праздника, и получал деньги.
