По мнению ученых, история Праги складывалась не совсем так, как рассказывают летописи. Она началась с момента основания Пражского Града между 880 и 890 годами князем Борживоем из рода Пршемысловичей. В первой половине X века на противоположном берегу Влтавы возникла вторая крепость Пршемысловичей — Вышеград. Вокруг крепостей постепенно разрастались поселения — из хроники летописца Козьмы Пражского известно о пригородах Вышегра-да и Пражского Града, о селениях немецких, романских и еврейских купцов, расположенных на этой территории.
К XII веку из двух крепостей вырос большой город, в котором четко обозначились: Пражское Место (позднее — Старое Место), чуть позже — Новое Место (с XIV века названное Меньшим Местом, или Малой Страной). На XIII век приходится и расцвет еврейского гетто.
При короле и императоре Карле IV (1346–1378) Прага превращается в столицу средневековой Римской империи. При нем строятся первый в городе заальпийский университет, Новое Место пражское, знаменитый Карлов мост с мостовыми башнями, здание Староместской ратуши, монастырь на Слованех (Эмаусы) и другие шедевры архитектуры. Прага периода правления Карла IV превратилась в блестящую столицу, выстроенную в стиле высокой готики, в один из крупнейших городов Европы того времени.
В XV веке Прагу сотрясали Реформация, революция и гуситские войны. Но город продолжал расти — достраивался собор Девы Марии перед Тыном, выросла Пороховая башня, к Староместской ратуше пристроили новый фасад со знаменитыми астрономическими часами.
Привилегированное положение Праги пошатнулось в 1526 году, после вступления на чешский престол первых Габсбургов. В 1547 году король Фердинанд I сильно потеснил пражан, лишив их хозяйственного и политического влияния. Но, несмотря на репрессии, Прага продолжала развиваться и строиться, но уже в ренессансном стиле. В Прагу стекались торговцы, банкиры и строители из Италии. После того, как в 1541 году на левом берегу Влтавы случился большой пожар, в городе один за другим стали появляться дворцы аристократов.
В 1583–1612 годах Пражский Град стал резиденцией Рудольфа II — мецената, ученого, проявлявшего большой интерес к алхимии и другим тайным знаниям. Ко двору стекались художники и ученые со всех концов Европы. В Праге в ту пору жили и работали астрономы и математики Тихо Браге и Иоганн Кеплер, скульпторы и художники Адриен де Врис, Ганс ван Аахен, Джузеппе Арчимбольдо и Бартоломей Спрангер, алхимики Джон Ди и Эдвард Келли, а также ученые-каббалисты, в числе которых был раввин Лёв — создатель легендарного Голема. После 1600 года Прага императора Рудольфа превратилась в крупный, полный блеска город с 60000 жителей.
