Вершины своей славы храм достиг в период Реформации, когда здесь проповедовали предшественники Яна Гуса — немецкий проповедник Конрад Вальдгаузер и Ян Милич из Кромержижа.
В верхней части главного фасада, между двумя башнями, в нише треугольного щита в гуситские времена находилась статуя короля Йиржи из Подебрад с надписью Veritas vincit — «Правда побеждает», а над этой надписью возвышалась огромная позолоченная чаша — символ веры гуситов. Именно эта чаша приглянулась аистам, где они и устроили свое гнездо. При этом наносили в чашу столько червей, змей и жаб, что вся эта живность начала падать сверху на головы прихожан и расползаться по улицам. Пражане были в ужасе. Снять с собора свой главный символ гуситы не могли, дабы не выставлять себя на посмешище католикам. Когда аисты улетели в теплые страны, чашу пришлось прикрыть большой доской. После победы Габсбургов в битве при Белой горе в 1620 году золотая чаша, символ Реформации, была изъята католиками и переплавлена. Из нее сделали образ Богоматери, который украшает храм и сейчас.
Роскошный северный портал изготовлен в мастерской Петра Парлержа, ему же приписывают и чеканный тимпан со страстями Иисуса (копия; оригинал в Национальной галерее в здании монастыря Св. Йиржи). Западный фасад и обе башни построены при гуситском короле Йиржи из Подебрад (1458–1471). Значительная часть внутренних помещений собора отделана в стиле барокко.
Костел горел в 1679 году, после чего главный неф стал ниже. Если внимательно приглядеться, можно заметить, что башни имеют различную ширину.
В начале 2000 года реставраторы обнаружили в костеле готическую фреску с изображением святого Иеронима со львом (конец XIV века), тщательно укрытую в одном из алтарей бокового нефа.
Орган Тынского храма — самый старый в Праге. Эта работа немецкого мастера Мундта датирована 1673 годом, реставрация проходила в Бонне, в 2000 году орган вернулся в Тынский храм.
Долгое время гордостью храма было более 60 захоронений — как известных, так и безымянных, — хранимых с великим почетом. Когда 12 голов казненных в 1621 году чешских героев были сняты со Староместской башни у моста, они нашли свое место в Тыне. Многие надгробия изрядно повреждены, поскольку в прежние времена не считалось зазорным наступать на могилу. К тому же многие верили, что это помогает при зубной боли.
Со времен немецкой оккупации колокольня северной башни пустовала вплоть до Пасхи 1992 года, когда там появился новый бронзовый колокол весом в 960 килограммов от фирмы Маноушек.
