В 1995 году был закончен первый этап реконструкции монастыря. В 2003 году была закончена реконструкция костела, освящен новый алтарь, а первая месса была отслужена символически в Пасхальный понедельник 21 апреля 2003 года. Трехнефная церковь используется сегодня как выставочный зал.
Именно в этом монастыре возникла глаголическая часть Ремешского Евангелия, на котором с XVI по XVIII век присягали при коронации все французские короли.
В Эмаузском саду на территории монастыря когда-то был языческий могильник. Видимо, по этой причине там по сей день, согласно легендам, бродит всевозможная нечистая сила. Синие огоньки, мелькающие ночью, указывают на спрятанные клады, которые ищет таинственный черный пес.
В самом монастыре обитает привидение чумного монаха, который принес в монастырь Черную смерть, заразив всех его обитателей. С ним мирно сосуществует призрак звонаря, который когда-то срезал веревки у колоколов, чтобы не приветствовать чужеземцев, за что и был убит мечом прямо на лестнице звонницы. Когда звонаря предавали земле, колокола звонили по нему без посторонней помощи. Согласно преданию, они всегда звонят сами, если Праге грозит беда.
Вот еще одна из легенд, которые народ сложил о монахах Эмаузского монастыря.
Тщетно сатана пытался искушать монахов Эмаузского монастыря — слишком они были набожны и богобоязненны. Дьявол насылал на них одно искушение за другим — по ночам им виделись то соблазнительные красавицы, то богатые клады. Но монахи проявили высокую идеологическую стойкость, и владыка ада совсем было махнул на них рукой. Но тут чумазый повар с адской кухни предложил по-своему покорить Эмаузы.
Вскоре у монастырских ворот появился тихий, скромный путник и предложил настоятелю услуги повара. Прежний монастырский повар был дряхлым старцем и с трудом управлялся с котлами. Новенького приняли помощником на монастырскую кухню. Поваренок был скромный и трудолюбивый, и работа у него кипела с утра до ночи. Вскоре старый повар умер: никто не догадался, что коварный поваренок подмешал ему яд. С печалью в сердцах монахи его похоронили, ничего не подозревая.
С тех пор новенький готовил сам. С утра до вечера на столах у братии были курица с капустой, запеченный с золотистой корочкой индюк, бекасы, перепела, заячий паштет, телячье мясо, свинина, баранина, ягнятина; все эти лакомства запивали красным или белым вином. Животы у монахов округлились, лица светились, просыпались они едва к обеду, а каждый вечер пировали до ночи. Во время постов на столе у них были щуки и угри, а потом посты и вовсе перестали соблюдаться. Монахи заплыли жиром и еле передвигались по лестницам и коридорам.
