Спустя полгода после окончания Крымской войны, в конце 1856 года, весь оставшийся в живых личный состав арестантских рот, участвовавший в обороне Севастополя был амнистирован, и уволен с воинской службы, с последующим оказанием государственной помощи в выборе места жительства и трудоустройства.
Об участии арестантских рот в Первой обороне Севастополя упомянуто в романе Филиппова "Осажденный Севастополь", который стал в России первым художественным литературным произведением, посвященным Первой обороне Севастополя.
После Крымской войны в ходе либеральных реформ императора Александра II в конце 60-х годов ХIХ века арестантские роты преобразуются в военно-исправительные роты, а в конце 70-х годов ХIХ века — в дисциплинарные батальоны, и в них могли содержаться в заключении только военнослужащие.
Арестантские роты гражданского ведомства до 1863 года были подчинены Главному управлению путей сообщения и публичных зданий, а в1864 году переданы в ведение губернаторов. Законом 16 мая 1867 арестантские роты инженерного ведомства заменены военно-исправительными ротами.
По издании закона 31 марта 1870 арестантские роты гражданского ведомства переименованы в "Исправительные арестантские отделения гражданского ведомства" — военный режим в них упразднен, и наружные работы, прежде практиковавшиеся, заменены работами внутренними, в самом здании тюрьмы. (Подробнее об этом в книге Фойницкого "Учение о наказании" — С.-Петербург, 1885.)
Среди военно-исправительных учреждений пореформенной Российской империи особое место занимало созданное 1 (13) июня 1868 последовало особого крепостного военно-арестантского отделения в Усть-Каменогорске (на 200 человек), представлявшее собой каторжную военную тюрьму. При этом императором Александром II было приказано, что независимо от количества воинских чинов, подлежащих содержанию в этом отделении, впредь до особого распоряжения отправлять в него, и всех тех нижних чинов, которые будут осуждаемы в каторжную работу в крепостях.
С отменою телесных наказаний в российском флоте (в 1863 году) арестантские роты Морского ведомства были преобразованы в военно-исправительные роты, которые в свою очередь в 1879 году были переименованы в дисциплинарные батальоны.
Вскоре после свержения монархии в России, весной 1917 года дисциплинарные части в российской армии упраздняются.
Количество заключенных во всех местах заключения Российской империи в течении XIX века непрерывно росло. Так, например если в 1841 году было осуждено 16297 человек, то уже в 1845 году в тюрьмах находилось 32271 человек. К концу 50-х г. в российских тюрьмах находилось 150.000 заключенных
