С 28 сентября 1926 по 2 июля 1927 являлся слушателем Курсов усовершенствования высшего состава при Военной Академии им. М. В. Фрунзе. С 12 сентября 1927 по 11 марта 1930 начальник Управления войск пограничной и внутренней охраны ОГПУ в Северокавказском крае, также с 26 октября 1927 по 11 марта 1930 по совместительству начальник Особого отдела Северокавказского военного округа в городе Ростов — на — Дону. С 11 марта 1930 по январь 1935 начальник Управления пограничной и внутренней охраны ОГПУ в Ленинграде, с 25 апреля 1933 по январь 1935 по совместительству заместитель начальника Управления ОГПУ — Управления НКВД Лениградской области Ф. Д. Медведя.
В январе 1935, Военной коллегией Верховного Суда СССР по делу убийства С. М. Кирова, был осуждён на 3 года лагерей. С января 1935 по январь 1937 заместитель начальника дорожного строительства "Дальстроя" НКВД СССР в Магадане, затем до января 1938 начальник дорожного строительства "Дальстроя" НКВД СССР в посёлке Ягодное Хабаровской области. С января 1938 по май 1939 начальник Тенькинского дорожного строительства в посёлке Усть-Омчуг. В 1939 году, вновь арестован и затем Верховным судом СССР осуждён на 8 лет лагерей. С мая 1939 по май 1947, находился в Северных Печорских железнодорожных лагерях в посёлке Княж — Погост.
С мая 1947 по март 1949, старший контролёр отдела технического контроля лесокомбината Министерства внутренних дел СССР в посёлке Ракпас Коми АССР. Затем до июля 1950, начальник службы движения железнодорожного Леспромхоза в посёлке Колово Карело-Финской ССР. С июля 1950 по январь 1952, начальник узкоколейной железной дороги Славянского леспромхоза в посёлке Деревянка Карело-Финской ССР. С января 1952 по сентябрь 1954, начальник узкоколейной железной дороги Шуйско-Виданского леспромхоза треста "Южкареллес" в посёлке Чална Карело-Финской ССР. В 1954 был реабилитирован и до января 1955 являлся начальником узкоколейной железной дороги треста "Ленлес" в Ленинграде.
После реабилитации получил инвалидность 2-й группы и статус персонального пенсионера союзного значения.
Имеются сведения о ношении Ф. Т. Фоминым генеральского мундира на встрече с председателем КГБ СССР А. Н. Шелепиным в начале 60-х годов, однако как задокументированный факт присвоение ему генеральского звания КГБ неизвестно. В 1967 году, во время празднования 50-летия органов государственной безопасности фотографировался среди других выживших чекистов, с тогдашним председателем КГБ Ю. В. Андроповым. В 1970 умер в Москве и похоронен на Новодевичьем кладбище.
