Растущая слава искусного офтальмохирурга, изобретателя и организатора привлекли к нему внимание правительства страны. В конце 1985 г. в СССР для быстрого и эффективного внедрения передовых технологий были созданы межотраслевые научно–технические комплексы в разных областях науки и отраслях промышленности. С. Н. Федоров возглавил Межотраслевой научно–технический комплекс (МНТК) "Микрохирургия глаза”, который в настоящее время носит его имя, организовал в 12 городах России хорошо оснащенные современным оборудованием филиалы, ставшие центрами микрохирургии в регионах и показавшие свою жизнеспособность в самые трудные кризисные периоды. В последние годы жизни С. Н. Федоров активно проявил себя также как общественный деятель: был депутатом Государственной Думы России, баллотировался на пост президента России, создал политическую "Партию самоуправления трудящихся".
Следует отметить, что постсоветский период в истории российской офтальмологии характеризуется ослаблением связей с коллегами из республик бывшего Советского Союза. В Россию "ворвались" мощные зарубежные фирмы, заполонив фармацевтический рынок мало доступными для многих по цепе лекарственными препаратами, контактными линзами, очками. Наряду с сохранившейся системой государственных глазных клиник, в том числе МНТК "Микрохирургия глаза" с его филиалами, возникла обширная сеть мелких частных клиник. Широкое распространение получили рефракционные операции с использованием эксимерлазерной энергии. В новой системе организации здравоохранения значительный ущерб был нанесен профилактической направленности медицины, в том числе в офтальмологии.
Несмотря на это, развитие научных исследований и создание новых хирургических технологий продолжаются: совершенствуется методика ультразвуковой факоэмульсификации, создана технология лазерного удаления катаракты с введением в полость глаза эластичных хрусталиков через небольшие разрезы, благодаря чему не требуется герметизации их швами; приоткрывается завеса над механизмом развития глаукомы без явных признаков основного симптома заболевания – глазной гипертензии. Ранняя, "донозологическая", диагностика глаукомы становится реальностью благодаря использованию современных технологий исследования глазного дна при сканирующей лазерной офтальмоскопии и ретинотомографии, возможностям оценки тончайших зрительных нарушений (при компьютерной периметрии) и, наконец, применению адекватных глаукоме нагрузочных проб (по типу вакуум–периметрической).
