Более шести тысяч уникальных предметов было вывезено из Павловского дворца научными сотрудниками музея. То, что не удалось эвакуировать в глубь страны, перевезли на грузовых автомашинах в Ленинград, где, несмотря на суровые условия блокады, все ценности были сохранены научными сотрудниками ленинградских музеев.
Трудно измерить ущерб, который нанесли оккупанты художественному ансамблю Павловска. На территории парка было вырублено 70 тысяч деревьев. Мосты и плотины взорваны. Часть музейных ценностей расхищена. В первом этаже дворца, в северном корпусе, были устроены конюшни, в южном — немецкий госпиталь, в аптечном хозяйстве которого хранились целые тюки со зловонным порошком от вшей. Павильоны Крик, Старое шале и Розовый варварски уничтожили.
В музее и по сей день хранится одна из досок с неграмотной надписью на немецком и русском языках: «Кто войдёт в парк, будет растрелен». В парке расстреливали и вешали мирных жителей. В центральном корпусе дворца водворилось гестапо. Фашистские бесчинства в пригородах Ленинграда возглавлял немецкий генерал-лейтенант Генрих Ферч, бывший начальник штаба 18-й армии. Генриха Ферча судил советский трибунал за разрушение исторических памятников искусства в Петродворце, Павловске и Пушкине. Он был осуждён на двадцать пять лет тюремного заключения. В 1955 году его передали властям Федеративной Республики Германии.
Немецкие оккупанты в Павловском парке устроили кладбище. Перед могилами убитых фашистов на мраморной плите была высечена карта Ленинграда с занесённым над нею мечом, у которого вместо рукоятки была свастика. Однако, как известно, фашистским оккупантам довелось побывать в Ленинграде только пленными. Хотя и поздно, но фашисты стали понимать бессмысленность своего устремления «на восток». В музее имеются фотографии с рисунков, которые незадачливые вояки оставили после себя на стенах дворца. На одном из них карикатурно изображён фюрер, он отправляет «на восток» швейковского типа парня, льющего слёзы, а рядом готическим шрифтом начертаны стихи:
«Эх, моя родина, мои дорогие,
Оставаться бы мне лучше дома».
В январе 1944 года войска Ленинградского фронта под командованием генерала армии (впоследствии Маршала Советского Союза) Л.А. Говорова перешли в наступление. Операция началась глубоким охватом с юго-запада Пушкинско-Павловского узла сопротивления. К вечеру 24 января город был очищен от врага. Двадцатью артиллерийскими залпами из ста двадцати четырёх орудий салютовала столица нашей Родины Москва доблестным советским войскам, освободившим города Пушкин и Павловск.
