Правительство собирает новые силы, средства, занимает деньги у монастырей и купцов, жалует землями дворян. Царь Василий Шуйский становится сам во главе нового большого войска, вышедшего 21 мая из Москвы.
Навстречу врагу вышла из Тулы армия Болотникова и Телятевского. В ней насчитывалось до 30–40 тысяч человек. 5 июня 1607 года на реке Восме, под Каширой, царское войско одержало победу. Через неделю то же произошло под Тулой. 30 июня В. И. Шуйский подошел к стенам города, и началась осада, продолжавшаяся четыре месяца. Осажденные имели до 20 тысяч воинов, царь — гораздо больше, многие десятки тысяч человек.
Осада сопровождалась штурмами. Повстанцы устраивали вылазки и не раз одерживали верх над противником.
Летом на Западе объявляется новый самозванец — Лжедмитрий II. Под знамена «царя Дмитрия» вновь встают массы народа, и движение разгорается с новой силой.
Между тем закончилось лето, началась осень. Осада затягивалась, и конца ее не было видно. Приближалась зима, дворяне мечтали о возвращении к своим очагам. Царю и воеводам помог случай: муромский дворянин И. С, Кровков предложил затопить Тулу, построив плотину на реке Упе. Ее возвели ниже города, и началось наводнение. Свирепствовал голод. Предводители вынуждены были пойти на переговоры с В. И. Шуйским. По договору с ним Тула 10 октября открыла ворота. Царь обещал сохранить всем жизнь, но не сдержал слова: «царевича Петра» вскоре повесили под Москвой, у Даниловского монастыря, а Болотникова в Каргополе сначала ослепили, потом утопили.
Восстание Болотникова — кульминация первой Крестьянской войны. Помимо действий повстанческих армий под стенами столицы, Калуги и Тулы, восставшие вели борьбу в ближнем и дальнем Подмосковье, к югу от Оки, в Среднем и Нижнем Поволжве (осада Нижнего Новгорода, «смута великая» в Астрахани и др.), в Пермской и Вятской земле, на Северной Двине и во Пскове.
Капитуляция восставших в Туле, гибель их главных предводителей отнюдь не означали конец Крестьянской войны. В 1608 году борьба продолжалась в тех же районах. Даже после ухода Болотникова в Тулу жители Калуги не пускали к себе воевод Шуйского, сидели в осаде. Их примеру следовали Псков, Астрахань, Зарайск, Михайлов, Ряжск, Пронск и многие другие города.
Южные и юго-западные уезды активно включились в движение, вспыхнувшее в связи с походом Лжедмитрия II — нового ставленника магнатов и шляхты Речи Посполитой. Последний, как и его предшественник, первый самозванец, в своих грамотах обещал вольность крестьянам и холопам, всякие льготы и милости всем жителям городов и селений. Представители низов, в том числе и бывшие болотниковцы, присоединились к нему, стали казаками, то есть людьми вольными, борцами за «царя Дмитрия». Они расправлялись с господами; многие бояре и дворяне, спасаясь от их мести, бежали в уездные города, в Москву, под защиту крепостных стен и гарнизонов. Власть Лжедмитрия II — «законного царя» признавали повсюду, отказываясь от подчинения В. И. Шуйскому. Верными ему остались лишь Сибирь и некоторые города Европейской России (Смоленск, Рязань, Коломна, Нижний Новгород, Казань).
