Сначала о. Никон служил в городском Вознесенском соборе вместе с его духовенством, когда же в районе Чачака начались ожесточенные бои, сербские священники покинули город, богослужения в соборе прекратились, и причт Александро-Невской церкви организовал совершение божественной литургии в воскресные и праздничные дни в частном доме, причем эти службы посещали и местные жители. 24 октября члены причта, отправлявшиеся на отпевание полковника Б.С. Гескета, попали под обстрел «катюш». Иеродиакон Вассиан был убит, о. Никон ранен в руку и лицо, а псаломщик Иван Ревенко контужен. В тот же день о. Вассиан был отпет игуменом при участии иеромонаха Никодима (Нагаева) и священника Владимира Могилева и погребен на погосте Вознесенского собора.
В дальнейшем причт Александро-Невской церкви совершал богослужения в подвале здания народной школы, которое также интенсивно обстреливалось, в результате 15 ноября был легко ранен регент Мушенко. В некоторые дни устраивались богослужения в помещении лазарета ветеринарной роты, где в вечерние часы также проводились духовные лекции и беседы. Кроме того, о. Никон после ухода из города сербского духовенства совершал требы для местных жителей.
28 ноября после совершения напутственного молебна части Корпуса вышли в тяжелый поход через горные хребты в г. Сараево. Иконостас и наиболее громоздкие части инвентаря Александро-Невского храма ввиду невозможности транспортировки пришлось сдать в одну из православных церквей Чачака. Во время похода духовенство Корпуса совершало молебны под открытым небом. В начале декабря погиб бывший псаломщик о. Никона Николай Иванов. 10 декабря части достигли г. Сараево, при въезде в который «со стороны недоброжелательно настроенного элементов» была произведена попытка ареста корпусного священника с угрозой расстрела «на скорую руку». Игумена спасло энергичное заступничество командовавшего колонной генерала В.М. Пулевича.
В дальнейшем около месяца о. Никон совершал богослужения в ранее закрытой усташами сербской церкви г. Киселяк и русском храме г. Сараево, настоятель которого протоиерей Алексий Крыжко, несмотря на давление хорватских властей, сохранил верность юрисдикции Зарубежной Русской Церкви. Поход для причта Александро-Невской церкви закончился в крещенский сочельник прибытием в штаб Корпуса, размещавшийся в г. Добое.
25 января 1945 г. о. Никон написал митрополиту Анастасию отчетный доклад, в котором отметил мужество, самоотверженность, усердие и преданность многих священнослужителей Корпуса, нередко исполнявших свои пастырские обязанности на боевых позициях, но также с прискорбием извещал о трудновосполнимых потерях большей части имущества полковых церквей. В конце доклада игумен сообщал:
