В своей педагогической деятельности он стремился избежать всяческой «мертвечины». Его лекции всегда были насыщены биологическим материалом, который с самых различных сторон характеризовал излагаемый вопрос.
Читал Богданов ярко и очень просто, с большим художественным талантом. Часто лекция превращалась в живой рассказ. Увлекаясь сам, он увлекал и слушателей. «Студенты жадно ловили горячее красивое слово профессора, и вскоре он стал их любимым учителем и товарищем»,— писал о Богданове профессор Вагнер.
Учитель и товарищ — так можно характеризовать отношения Модеста Николаевича со студентами. Живой и общительный по натуре, в отношениях с людьми Богданов был всегда по-товарищески прост и доступен. Молодежь тянулась к нему. С самого начала преподавательской деятельности в Петербурге вокруг него сплотилась группа студентов, составившая плеяду его учеников.
Преподавать в Петербургском университете Богданов начал в 1874 г. в должности приват-доцента. Первые два года он читал небольшой курс биологии млекопитающих.
Но особую роль в деятельности Богданова сыграл курс орнитологии, который он читал в течение двух лет (1876—1878 гг.). Именно эти лекции укрепили за Богдановым славу прекрасного оратора и талантливого преподавателя.
Программа, сохранившаяся в архивных материалах университета, дает возможность судить об этом курсе. В нее включены, помимо разделов анатомии и систематики, вопросы размножения и развития.
При изложении анатомии птиц Богданов подчеркивал особенности строения, связанные с приспособлением к полету. Особое внимание было уделено критическому анализу теории полового подбора Дарвина и теории птичьих гнезд Уоллеса. При систематическом обзоре класса дана характеристика жизненных условий и приспособления к ним. Географическое распределение связывалось с историческим прошлым и современными условиями существования. Заканчивался курс описанием эволюции птиц. Богданов на примере одного класса давал представление о конкретных путях эволюции, прогрессе и регрессе, разбирал явления инерции, специализации. Место птиц в эволюционном ряду позвоночных он обрисовывал с привлечением всего известного сравнительно-анатомического и палеонтологического материала.
Таким образом, курс орнитологии, хотя и был посвящен только одному классу животных, затрагивал важнейшие вопросы биологии и теории эволюции. Богданов рассказывал так увлекательно, что после его лекций студенты сами стремились вести орнитологические наблюдения.
