Богданов сделал попытку сказать и свое собственное слово в систематике. В 1878 г. вышло в свет литографированное издание его очерка «Основы классификации млекопитающих». В нем автор анализировал принципы классификации, сложившиеся в зоологии к середине XIX столетия. По его мнению, в основу классификации должны быть положены признаки, наиболее характерные для класса и наименее зависящие от колебания внешних условий. Он считал, что такими свойствами у млекопитающих обладают нервная и половая системы органов, степень развития и структура которых действительно очень типичны для различных групп. Богданов попытался построить собственную классификацию млекопитающих с учетом строения нервной и половой систем и уровня развития появляющегося на свет детеныша. Всех Mammalia он расположил на семи ступенях, или эволюционных уровнях, характеризующих высоту их организации (на нижнем — однопроходные, на верхнем — человек). Не углубляясь в подробный разбор системы Богданова, отметим, что принцип ее имел свои положительные стороны, так как подчеркивал эволюционную основу классификации. Однако принцип ступеней, или уровней, имеет и серьезный недостаток, так как возможны затруднения при сравнении высоты организации отдельных групп животных. С этой точки зрения схема филогенетического дерева гораздо более лабильна и ближе отражает эволюционный процесс.
Интересна также попытка Богданова нарисовать прообраз первичного млекопитающего. Он утверждал, что предок млекопитающих имел пятипалые конечности с когтями, длинный хвост, короткую шею, мелкие конические зубы без деления на группы и был плотоядным животным.
Возникновение млекопитающих Богданов относил к эпохе, предшествовавшей триасу, и считал, что корни Mammalia следует искать в момент выхода позвоночных на сушу. Ни один из известных классов наземных позвоночных, по его мнению, не мог дать начало млекопитающим. Он производил их непосредственно от рыб.
В 1879 г. в Петербурге состоялся Шестой съезд русских естествоиспытателей и врачей. На нем Богданов выступил с докладом «О значении собаки в истории человечества», построенном на материале, полученном при изучении эпохи свайных построек в Швейцарии, который дал возможность осветить историю приручения собаки человеком. В выступлении Богданова есть ряд преувеличений, ряд спорных моментов, выяснение которых и по сей день является задачей исследователей. Так, например, Богданов считал, что приручение собак имело решающее значение для развития человеческой культуры. Только благодаря собаке, по его мнению, человек мог перейти от собирательства к охоте, затем к приручению других животных, выйти из лесов и расселиться в степях, горах и пустынях, даже проникнуть на дальний север. «Собака вывела человека в люди, — говорил он, — и эпоха приручения предка собаки может считаться одним из важнейших моментов в истории человечества. Это была заря новой жизни, нового порядка вещей, когда человек становился хозяином земли» (I, 77, стр. 283).
