Наиболее крупная работа Богданова, посвященная русской фауне, — «Животный мир Европейской России». В ней приводится описание животных и условий их существования по отдельным физико-географическим зонам или, как их называет автор, областям (тундра, область еловых лесов, Урал, Черноземная область, Арало-Каспийская степная область).
В этой работе Богданов подробно рассмотрел проблему влияния хозяйственной деятельности человека на животный мир. Считая человеческую деятельность исключительно мощным преобразующим фактором, оказывающим быстрое и часто гибельное воздействие на окружающую фауну, он с тревогой писал о судьбе диких животных. Особенно беспокоило его положение, сложившееся в центре России, в ее наиболее густо населенных и промышленно развитых районах. «В озерной области и в подмосковных губерниях, — говорил он, — где истребление лесов пожарами и культурой почвы достигло высшей степени, фауна отличается замечательной бедностью, и предотвратить этот ход явлений не представляется возможности. В подмосковных губерниях, особенно в Московской, давно уже исчезли все ценные звери, даже белка и заяц перестали быть предметом промысла. Давным-давно исчезла там белая куропатка. Тетерева, рябчики, глухари исчезают с каждым годом. Истребление лесов и расширение полей оказали глубокое влияние на болотную и водяную птицу. Развитие фабричного производства отравило речные воды и повело почти к полному истреблению ценных пород рыб, особенно в верхнем течении Волги и ее притоках. Там, где прежде существовали прибыльные ловли осетров и стерлядей, об этом осталось только предание, а самые рыбы или исчезли совсем, или стали редкой, случайной находкой» (I, 88, стр. 106).
Развивая взгляды о ведущей роли исторических условий в формировании современной фауны, Богданов выступил с критикой воззрений Н. А. Северцова на критерий характеристики зоогеографических областей. Северцов считал единственным и достаточным основанием для выделения зоогеографической области подробное систематическое описание населяющих ее видов и родов животных. Этот принцип он положил в основу своего доклада «О зоологических (преимущественно орнитологических) областях внетропических частей нашего материка», сделанного на заседании Русского географического общества в 1877 г. Богданов присутствовал на докладе Северцова и в прениях высказался отрицательно о принципе, лежащем в основе зоогеографического районирования, предложенного докладчиком. Он справедливо указывал, что родовые и особенно видовые подразделения в систематике очень субъективны, часто трактуются разными исследователями по-разному. Количество видов и их характеристика для одних и тех же групп животных в работах разных авторов могут различаться, иногда весьма значительно. Уже из-за этого обстоятельства одно систематическое описание не может дать полного представления о характере фауны данной области. Необходимо учитывать историю формирования фауны, так как только в процессе длительной совместной эволюции виды, ее составляющие, сплотились в единый комплекс тесно взаимосвязанных форм, что и дает право выделить их в самостоятельную зоогеографическую единицу. Недаром Богданов сравнивал зоогеографическую область с государством, а ее внутреннее устройство — с обществом. «Каждая фауна, каждое общество имеет свою историю, и об этой истории забывают»,— говорил он.
