Глухая борьба на протяжении ряда лет не принимала острых форм благодаря умелому и тактичному руководству А. М. Бутлерова на посту ректора университета. Однако и ему немало неприятностей причиняли происки «немецкой партии».
Студенческие волнения, вспыхнувшие в Казанском университете, осложнили отношения между А. М. Бутлеровым и университетским начальством в лице попечителя Ф. Ф. Стендера. Этому сильно способствовала активная «деятельность» декана медицинского факультета А. А. Соколовского и профессора И. И. Зедерштедта, возглавлявших консервативную группировку профессоров-медиков. В течение 1862—1863 гг. студенческие выступления не прекращались.
18 февраля 1863 г. казанский губернатор писал в шифрованной телеграмме министру внутренних дел: «Беспорядки, не прекращенные довольно своевременно, при настоящем начальстве (имеется в виду А. М. Бутлеров как ректор,— Н. Б. и Г. К.) неминуемо поведут к более серьезным».[>4 ЦГИАЛ, ф. 733, оп. 48, № 136391, д. 3.]
Дело дошло до царя. Александр II поручил расследование этого вопроса попечителю Петербургского учебного округа И. Д. Делянову.
12 марта 1863 г. А. М. Бутлеров писал в докладной записке Делянову: «В разладах физико-математического факультета с медицинским кроется не случайный спор, возникший по поводу горячности одних и желания других провести вперед покровительствуемого во что бы то ни стало. Корень несогласия лежит глубже; дело идет о первенстве того или другого из двух принципов: принципа личного произвола, взаимной угодливости, стремления окружить себя людьми, сочувствующими защищаемым началам, и другого принципа — принципа правды и соблюдения пользы университета прежде всего» (подчеркнуто Бутлеровым, — Н. Б. и Г. К.), и далее: «... большая часть (профессоров,— Н. Б. и Г. К.) предпочитает, пока не совсем прошла молодость, пока живо чувствуется темная сторона всякой аккомодации с совестью и не дожилось до апатии, бежать из университета — дорогого и родного некоторым, но которому нельзя помочь. Вот почему многим не было здесь места при обстановке, подобной теперешней, и большей части из нас приходится также, обождав несколько для сохранения приличия, понемногу, поодиночке расстаться с университетом» (III, 6, стр. 104—105).
В 1869 г. А. М. Бутлеров покинул Казанский университет и перебрался в Петербург. С его уходом обстановка в университете еще более осложнилась. Враждебность и конкуренция между группировками разгорелись с новой силой. Следом за Бутлеровым из Казани уехал А. О. Ковалевский (перевелся в Киевский университет).
