Компаративная теория может быть сведена к нескольким положениям, из которых интуитивно исходили все ученые, начиная с Боппа, но наиболее четко сформулированы они были Августом Шлейхером в 1850–1860-е гг. Главное из них — идея так называемого родословного древа. Она основана на выделении двух разнонаправленных процессов: языки развиваются от первоначального единства к множеству, а исследователь идет в обратном направлении — от множества языков-потомков к единому праязыку (языку-основе). Согласно концепции родословного древа, языки лишь расходятся и никогда не сходятся, а контакты между языками могут как-то повлиять на их развитие, но не могут изменить ни для одного языка его исходную принадлежность к той или иной семье и группе. Все достижения компаративного метода за два столетия исходят из этих идей.
Теоретические основы компаративного метода всегда были уязвимыми, но его реальные достижения трудно было оспаривать. Об этом писал еще в 1908 г. выдающийся швейцарский лингвист, ученик Соссюра Альбер Сеше (1870–1946): «Эта регулярность фонетических законов, эта проверенная эмпирически и так удачно использованная грамматистами гипотеза нуждалась в рациональном обосновании. Такая попытка была предпринята, но и здесь проявилось отставание теории от практики, и следует признать, что эта попытка так до сих пор и не увенчалась успехом. И если мы по-прежнему верим в плодотворность этого принципа, то потому, что он существует и приносит пользу, а совсем не потому, что мы его поняли». Если серьезных попыток опровержения сравнительно-исторического метода никогда не было, то предложенное Шлейхером его «рациональное обоснование», то есть теоретические принципы, не раз подвергалось критике в разные эпохи. Особо надо отметить таких ученых, как Бодуэн де Куртенэ и Трубецкой.
Главным недостатком компаративистики Бодуэн де Куртенэ считал неучет факта смешения, схождения языков. Свою статью 1901 г. он полемически назвал «О смешанном характере всех языков». Он постоянно указывал на языки, для которых концепция «родословного древа», по его мнению, неверна. Это пиджины и креольские языки, которые он понимал достаточно широко: «Особую группу при классификации языков составляют смешанные языки.… В том же ряду стоят такие консолидированные, определившиеся уже языки, как: еврейско-немецкий говор[3], китайско-русский язык в Кяхте и Маймачине или китайско-английский на южном побережье Китая
