Но вернемся в 1941 год. Фронт неумолимо приближался, поток беженцев рос, среди них всё чаще попадались отступающие красноармейцы. Встал вопрос об эвакуации. Павел Иванович, дядя будущего космонавта, по распоряжению председателя погнал на восток колхозное стадо коров. Анна Тимофеевна в компании подруг погнала туда же свиней, однако была вынуждена вернуться: немецкие части совершили прорыв, и Клушино оказалось во вражеском тылу. Свиней раздали по дворам, а сами стали готовиться к неизбежному появлению оккупантов.
Немцы вошли в Клушино 12 октября. Сначала, как водится, устроили «зачистку» в поисках красноармейцев и коммунистов. Поблизости, в лесу, вспыхнул короткий ожесточенный бой, закончившийся гибелью небольшого отряда советских солдат, которые не успели отойти с другими частями. Местным жителям пришлось хоронить погибших. Клушинцы не могли в то время знать, что Москва находится на грани сдачи: 15 октября Государственный комитет обороны СССР принял решение об эвакуации столицы, а на следующий день город охватила паника; еще через четыре дня Москва и прилегающие районы были переведены на осадное положение.
Оккупационные власти расквартировали своих солдат в Клушине. По свидетельству Анны Тимофеевны, первое время в их доме жил немец по имени Пауль: он вел себя вполне прилично, никак не выказывал враждебность к Гагариным. Потом его часть перебросили на восток. Произошло это, по косвенным данным, в начале декабря, когда советские войска сумели в ожесточенных боях отразить наступление вермахта и даже перешли в контрнаступление. 8 декабря Адольф Гитлер подписал директиву № 39 о переходе к обороне на всём фронте.
В итоге зимой жители Клушина оказались предоставленными сами себе. Учиться, впрочем, Юра Гагарин не мог: занятия после прихода оккупантов прекратились, а школу сожгли. Анна Тимофеевна уверяла в мемуарах, что сделали это немцы, однако вряд ли им нужно было портить хороший крепкий дом с пристройками, ведь они планировали остаться здесь надолго.
Что касается повседневной жизни, то поначалу у клушинцев не было серьезных проблем. Валентин Алексеевич вспоминал: «Особого голода в военные годы в селе не было: сперва были свои продукты; затем собрали урожай; в первую зиму немцы забрали у нас только овес и ячмень для своих лошадей, а рожь и пшеницу раздали населению по количеству едоков. Второй оккупационный год посеяли, посадили и собрали урожай».
На подмосковном фронте тем временем происходили грандиозные и страшные события. Советское командование решило развить успех декабрьского контрнаступления и разгромить группу армий «Центр», не дожидаясь, пока противник закрепится и подтянет резервы. 8 января 1942 года началась операция, получившая название Ржевско-Вяземской. В ней участвовали войска Калининского и Западного фронтов при содействии Северо-Западного и Брянского фронтов. Вначале успех сопутствовал Красной Армии, однако к концу января ситуация резко изменилась: немецкое командование спешно перебросило из Западной Европы двенадцать дивизий и две бригады, которые нанесли серию контрударов, после чего часть советских войск оказалась в окружении и понесла колоссальные потери: к концу апреля они достигли 272 тысяч человек убитыми и 504 тысяч человек ранеными. Группа армий «Центр» тоже была обескровлена, потеряв в общей сложности свыше 330 тысяч человек (фактически половину личного состава), но сумела удержать Ржев и так называемый Ржевско-Вяземский плацдарм (или Ржевский выступ), на котором закрепились войска 9-й и частично 4-й армий. Попытки взять выступ в «котел», предпринимаемые РККА в течение 1942 года, не увенчались успехом. Фронт пролегал всего в 20 км от Гжатска, но, чтобы преодолеть их, советским бойцам понадобился целый год.
