Оригинальной чертой анаксагоровской теории материи был принцип «все во всем» или «во всем есть часть всего», означавший, что в любой вещи — как бы мала она ни была — содержатся все гомеомерии и все противоположности; воспринимаемые же нами свойства данной вещи определяются теми ее компонентами, которые в ней преобладают. Прямым следствием этого принципа было признание беспредельной делимости вещества. Роль противоположностей в системе Анаксагора и их соотношение с гомеомериями принадлежит к числу наиболее запутанных проблем ранней греческой науки. Наиболее вероятным представляется предположение, что в результате преобладания тех или иных противоположностей образуются эфир, воздух и прочие «стихии», которые у Анаксагора отнюдь не имели элементарного характера.
Отказавшись от идеи цикличности мирового процесса, которая была характерна для учений Анаксимандра (а может быть, и Анаксимена), Гераклита и Эмпедокла, Анаксагор развил эволюционную космогонию, согласно которой космос рождается однажды из некоего первичного состояния, а затем необратимо развивается в одном направлении. Первичное состояние (panta homoy — «все вместе») характеризуется смешением всех «вещей», когда мир представлял собой качественно неопределенную неподвижную массу. Под действием активного агента, который у Анаксагора именуется «нусом», т. е. Разумом (noys — ум, разум), в каком-то участке первичной смеси внезапно возникает мощное круговращательное движение (perich5resis), которое затем распространяется вширь и захватывает все новые массы первичной смеси. Быстрое вращение обусловливает разделение этих масс на составляющие их компоненты, в первую очередь — на эфир (огонь) и воздух, которые занимают соответственно периферийную и внутреннюю области космического вихря.
В каждой из этих стихий содержатся всевозможные «семена», т. е. ничтожно малые частицы разнообразных веществ, отличающиеся друг от друга формами, цветами, вкусами и запахами. В дальнейшем из воздуха выделяются более плотные и темные компоненты — облака, вода, земля, камни. Согласно принципу «подобное стремится к подобному», происходит соединение сходных семян, образующих массы, воспринимаемые нашими органами чувств как однородные вещества. Этот принцип, вместе с разделяющим действием космического круговращения, оказывается достаточным для образования космоса. При этом не нужно упускать из виду, что весь ход космообразования и, следовательно, организация космоса в целом были как бы «запрограммированы» первичным толчком, осуществляемым Разумом. Если бы подобный толчок произошел где-то в другом месте первичной смеси, то и там возник бы мир, во всех отношениях подобный нашему. Вопрос о том, действительно ли возникают многие миры или же процесс космообразования осуществляется один-единственный раз, остается, строго говоря, открытым. Правда, античные источники причисляли Анаксагора к сторонникам второй альтернативы.
