С мыслителями милетской школы Гераклита объединяла концепция единой первоосновы, порождениями (или модификациями) которой оказываются все вещи окружающего нас мира. В качестве такой первоосновы Гераклит выбрал огонь: "Этот мировой порядок (kosmos) один и тот же для всех, не создал никто ни из богов, ни из людей, но он всегда был, есть и будет вечно живым огнем, мерами вспыхивающим и мерами погасающим". При выборе огня Гераклит, по-видимому, меньше всего руководствовался физическими соображениями: огонь был для него образом вечного движения и изменения. Никогда не прекращающийся мировой процесс складывается у него из двух путей: пути вниз, когда огонь превращается в воду («море»), а та, по крайней мере частично, переходит в землю, и пути вверх, когда из земли и из воды исходят испарения, к числу которых Гераклит причислял и души живых существ. Испарения имеют различный характер: светлые и чистые — превращаются в огонь и, подымаясь вверх и скапливаясь в круглых вместилищах, или плошках, воспринимаются нами как Солнце, Луна и звезды; темные и влажные испарения являются причиной дождя и сходных метеорологических явлений. Попеременным преобладанием того или иного рода испарений объясняется смена дня и ночи, лета и зимы. Затмения Луны и Солнца, а также фазы Луны, по Гераклиту, происходят потому, что небесные «плошки» частично или целиком поворачиваются к нам своей выпуклой, темной стороной. О форме и положении Земли Гераклит, по-видимому, никак не высказывался.
Все указанные выше изменения происходят согласно «логосу», который в учении Гераклита был многозначным термином, явившимся объектом многочисленных интерпретаций. Представляется, однако, бесспорным, что одно из значений этого термина было связано с количественными закономерностями или отношениями, определяющими взаимопревращения огня.
Позднейшие источники сообщают, что Гераклит придерживался концепции периодического космообразования, согласно которой мир то целиком воспламеняется, то вновь возникает из огня. Впрочем, многие исследователи полагают, что идея воспламенения (ekpyrosis) космоса была лишь позднейшей, стоической интерпретацией некоторых высказываний Гераклита, которые, вообще говоря, допускают и другую трактовку.
Важнейшей идеей философии Гераклита была идея вечного движения, всеобщей изменчивости вещей. Для наглядного выражения этой идеи Гераклит воспользовался образом реки, в которую нельзя войти дважды, ибо «на входящего... набегают все новые и новые воды. В основе изменчивости сущего, по мнению Гераклита, лежит непрекращающаяся борьба и смена противоположностей, которые, однако, не исключают друг друга, а образуют некое высшее единство — гармонию мира. Эти мысли были высоко оценены Гегелем, усмотревшим в них исторически первое выражение диалектического миропонимания. А Энгельс писал, что «первоначальный, наивный, но по сути дела правильный взгляд на мир был присущ древнегреческой философии и впервые ясно выражен Гераклитом: все существует и в то же время не существует, так как все течет, все постоянно изменяется, все находится в постоянном процессе возникновения и исчезновения».
