На основании формы гор Э. В. Толль высказал предположение, что «Земля Санникова» сложена, подобно острову Беннетта, из базальтов. Расстояние от острова Котельного до «Земли Санникова», которую Э. В. Толль считал за часть неизвестного архипелага, он полагал равным 150—200 км.
Спустя семь лет, в 1893 г., Э. В. Толль руководил экспедицией Академии наук. На берегу Восточно-Сибирского моря, в 60 км к востоку от Святого Носа, Э. В. Толль производил раскопки мамонта и был занят устройством на Новосибирских островах по просьбе Нансена двух продовольственных складов на случай гибели «Фрама». На севере Сибири, в Приянском крае он проводил орографические исследования, описал Хараулахский хребет, а также хребты Чекановского и Прончищева, нанес на карту Анабарскую губу и низовья реки Анабары до 72-й параллели. Инструментальная съемка и определение астрономических пунктов, произведенные экспедицией Э. В. Толля, позволили исправить и уточнить географические карты того времени.
По возвращении в Петербург из второй полярной экспедиции у Э. В. Толля возникли принципиальные разногласия с автором академической инструкции, предложенной ему для руководства.
В результате Э. В. Толль оставил службу в Академии и перешел по приглашению академика Ф. Н. Чернышева в Геологический комитет. Вскоре на заседании Русского географического общества он познакомился с адмиралом С. О. Макаровым, который тогда вынашивал идею исследования полярных стран при помощи ледокола. В это время Э. В. Толль разрабатывал план изучения района гипотетической «Земли Санникова» при помощи деревянного судна. В 1897 г. осуществилась мечта С. О. М акарова, и Э. В. Толль принял участие в первом арктическом плавании ледокола «Ермак». Совместная работа Э. В. Толля с С. О. Макаровым прервалась в связи с тем, что правительство отпустило средства на организацию «Первой Русской полярной экспедиции Академии наук» под начальством Э. В. Толля.
Вдохновитель этой экспедиции Э. В. Толль собрал большой научный материал, опубликованный Академией наук.
В настоящем дневнике Э. В. Толль дает описание плавания на яхте «Заря», начиная с ее выхода в море 21 июня 1900 г. Дневник написан не для опубликования в печати, а адресован Э. В. Толлем его жене Эммелине Толль. Этим объясняется интимный характер некоторых записей. Искренность суждений, мыслей и чувств, которыми проникнуты все записи, рисуют личность Э. В. Толля как человека гуманного, проникнутого гражданскими чувствами, целеустремленного в своей работе и отдающего все свои силы выполнению долга. Э. В. Толль беспощадно строг и требователен к себе, а по отношению к своим подчиненным он необычайно заботлив и полон товарищеского внимания.
