Однако, ни казаки, ни киргизы не были на долгое время ослаблены этим поражением: бывший в Туркестане в 1558 г. англичанин Дженкинсон слышал, что казаки в то время снова угрожали Ташкенту, киргизы — Кашгару. Из этих слов можно заключить, что после смерти Хакк-Назара казаки и киргизы уже не составляли больше одного государства; вообще, насколько известно, эти два народа с тех пор никогда больше не объединялись под властью одного хана.
Кроме Кашгарии, набегам киргиз подвергалась Фергана. В упомянутой биографии шейха Лутфуллы говорится, что киргизы во время одного из своих набегов на аксикетский округ захватили принадлежавших дервишам баранов, но потом вернули их с извинениями и прибавили, что питают к "божьим людям" не меньше уважения, чем сами ферганские мусульмане. Подобно другим шейхам, шейх Лутфулла, заботился о распространении ислама среди степняков; его ученик, казак Мухаммед, действовал не только среди казаков, но и среди киргизов. Такие проповедники из дервишей отправлялись в степь до новейшего времени; под их влиянием кочевники становились не столько мусульманами, в смысле принятия догматов и обрядов ислама, сколько личными почитателями шейхов, в которых они видели подвижников и чудотворцев.
Несмотря на временное объединение под одной властью, киргизы и во второй половине XVI в. не признавались мусульманами даже в такой степени, как казаки. К 1582 г. относится сочинение о Средней Азии османского турка Сейфи: по его словам, казаки были мусульманами канофитского толка, тогда как киргизы не были "ни кафирами, ни мусульманами". Подобно мирзе Хайдеру, Сейфи считал киргиз родственниками монголов Киргизы жили в трудно доступной местности; в случае нападения врагов они отсылали свои семьи вглубь гор, а сами защищали проходы: камнем "яда" они вызывали такой снег и холод, что враги не могли владеть ни руками, ни ногами и терпели поражение. Трупы умерших клались в гробах на ветви высоких деревьев (это известие, вероятно, заимствовано из более ранних письменных известий о енисейских киргизах). У киргиз не было царей (ханов), а были только беки, которых называли кашка (титул, часто встречающийся у калмыков).
Даже писавший в XVII в. по персидски узбекский историк Махмуд-ибн-Вели называет киргиз кафирами. Эти киргизы, в числе 12.000 семейств, в реджебе 1045 г. х. (с 11 дек. 1635 до 9 янв. 1636) прибыли через Каратегин в Гисар; во главе их было 12 предводителей (очевидно, по одному на 1.000 семейств), которые в следующем месяце шабане (с 10 янв. по 7 февр.) были приняты узбецким ханом в Балхе; раньше они проводили дни в неверии, заблуждении и невежестве (очевидно, после прихода в страну узбеков они сделались мусульманами). С этим событием, вероятно, связано поселение киргиз в Каратегине, где некоторое число их живет и до сих пор. Есть предание, что Каратегин долгое время принадлежал киргизам и только недавно был вновь занят таджиками, хотя теперь киргизы составляют там незначительное меньшинство (по последним сведениям, их немногим более 8.000, тогда как таджиков 173.488, т. е. киргизов всего 4%).
